一般情况下，畸形精子怀孕不是畸形。具体情况分析如下：
男性精液中存在畸形精子，正常情况下，正常情况下男性会出现这种情况，正常情况下不超过60%就可以正常怀孕，而且怀孕后胎儿不会出现畸形，因为受孕是精子快速向前活动，与卵子结合的过程。但是胎儿畸形与其他因素有关系，需要定期进行产检，比如怀孕期间服用药物导致胎儿畸形，或者服用放射性物质。
前列腺炎或是精索静脉曲张的疾病。精液出现异常的可能，还可能会出现尿频，尿痛的表现。如果是得了炎症，还是选择消炎药物治疗为主的。在当地医生的指导下服用药物。避免吃辛辣食物。
引起的原因有：不健康的生活方式，酗酒也是常见的造成精子畸形的原因之一：已有研究证实，酗酒产生的酒精中毒可能损伤精子，造成精子畸形率增高，同时还可造成性欲冷漠、阳痿、早泄等性功能的异常。再者男子泌尿与生殖系统的某些感染：也是造成精子畸形的重要原因之一。较常见的影响精子畸形的感染，如：前列腺炎、精囊炎、尿道炎等。
如果是有精索静脉曲张等先天性疾病，可能需要做手机才能治疗。畸形精子症可通过补充生物锌来解决。造成畸形精子的原因主要是因为男性吸烟、喝酒或摄入某些重金属，还有辐射等导致的生精细胞生精异常，都会造成精子畸形率高。除了自身要消除前面说的这些不利因素外，补充生物锌解决是目前比较常用的解决办法，男性可以直接服用育之緣口嚼片来补充生物锌，通过生物锌来修复受损的生精细胞，恢复正常生精功能，从而减少畸形精子的产生。
起畸形精子的原因有很多，因此畸形精子症的治疗要消除不利因素（药物、放射线、高温、酒等），针对病因进行治疗。由生殖道感染引起畸形精子症的，可进行抗炎治疗；由内分泌异常所致畸形精子症，则给予内分泌功能调整；对精索静脉曲张引起畸形精子症的，应考虑手术治疗。畸形精子如超过70%，应进行染色体检查，如有染色体病，则治疗困难。