肝内胆管结石的治疗根据病情的轻重程度及治疗是不一样的。如果经过CT或磁共振评估，肝内胆管结石很少，或者根本没有引起胆道扩张，狭窄畸形，肝脏也无改变，也没有临床症状，那么这种结石可以不用特殊治疗，只需要平时注意避免劳累受凉，少吃油腻食物，必要时可以服用利胆药物即可。而对于有经常发作胆管炎或导致胆管狭窄畸形，或是引起肝脏萎缩，癌变等等情况等，需要进一步手术治疗。
一般情况下，胆总管结石可以排出，具体内容如下：
胆道结石能从身体里排泄出来。胆总管的结石因其大小而异，若胆囊结石的体积较小，则胆管抽搐或胆管炎症则有可能将其排出；如果胆囊内有很大的肿块，就有突然的腹部疼痛和胆汁分泌的现象，但是如果在取石的时候，病人的胆道内没有胆囊内的结石，这就说明病人的腹部疼痛可能是一个排石的过程。所以，应将病人的病情向医师报告，以便医师作出正确的诊断。
手术风险较大的情况下可以行ERCP治疗，胆总管乳头括约肌小切开对人体影响不大，因为ERCP最大的并发症就是怕胆汁反流，这种反流可以增加结石的复发率，长期刺激造成胆道恶变。
肝内胆管多发结石是因为胆囊炎反复出现导致的，可以吃点口服利胆药，要定期进行复查，时候要是结石继续变大，时候就要进行手术治疗，现在还是要继续进行药物治疗，要多吃新鲜的水果和蔬菜，保持良好心情。
严重者容易出现疼痛加剧，甚至是急性化脓性胆管炎的现象发生，除了在正确的指导下选择合适的治疗方案外，应多吃含维生素丰富的食物，如新鲜蔬菜、水果、芝麻油、谷类、豆类以及动物内脏等；饮食多样化，注意色、香、味、形，促进病人食欲；烹调食物应多采用蒸、煮、炖的方法，忌食难消化的食品，禁饮酒。
胆总管结石并发胆管炎是由于胆道结石崁顿，导致胆液无法排泄，导致细菌感染，从而导致胆管炎。具体内容如下：
病情轻微时可出现腹痛、皮肤黄染等黄疸；当出现严重的细菌感染时，会出现发热、腹痛、黄疸、发烧等三联征。如不能清除阻塞，病情继续恶化，会出现休克、精神症状改变等五种症状，甚至危及到患者的性命。改善居住环境卫生，保持室内干净，定时通风。养成良好的个人卫生习惯，饭前便后勤洗手。注意饮食卫生，不吃生冷或不干净食物。
