天性胆总管囊肿的发病原因，尚存争议，十年来随着对本病形态学、胆汁酶学及动物实验研究的进展，对其病因有了更深入的了解，多数学者认为本病与先天性胆胰管合流异常、胆总管远端梗阻有关。治疗小儿先天性胆总管囊肿主要是采取手术方法进行相对应的治疗，同时要注意的是术后期间要适当服用抗生素和其他的滋补食物来进行必要的营养补充。
女儿患有先天性腮瘘通常应及时进行治疗。
先天性腮瘘是由于胎儿在发育过程中咽喉部导管没有闭合。由于伤口裸露在外面，容易发炎、化脓，长期以往很可能导致恶变，只有手术才能解决问题。如果是腮瘘，需要做碘油造影，或者用造影剂注射造影剂，做X线或CT检查，看看鳃裂囊肿有没有内瘘。一般情况下，鳃裂囊肿是有瘘管的，有外瘘的，也有内瘘的。在做手术之前，必须先确定有没有外瘘或者内瘘。术中应沿囊肿包膜切除囊肿，同时切除瘘管，封闭瘘口。
如果是蛛网膜先天性囊肿为良性病变，可与胚胎发育异常等有关，对于囊肿较小、无症状者可以暂时观察，定期复查，如果囊肿较大或出现压迫症状，如头痛、头晕、恶心、呕吐等情况者可进行手术，如囊肿一腹腔引流、囊肿切除等。
先天性内翻通常需要手术治疗和矫正，如果在年龄段，先天性内翻通常伴有肌肉萎缩，此时治疗效果不是很好。治疗效果越早，治疗效果越好。对两岁以内的家庭来说，治疗效果是好的，因为那时骨骼和肌肉没有萎缩，功能恢复也不好。
主要是方法是手术治疗。治疗目的是为了恢复上唇正常形态和正常的语言功能。目前国内外公认唇裂手术时间为生后3个月。腭裂为生后18个月。本病有一定的遗传性，预防的关键在怀孕的前三个月应该避免服用镇静类和抗癫痫类药物。
先天性白内障的患儿，如果晶体混浊较为严重，出现皮质混浊、变白或晶体核心混浊，严重影响视力，应早期进行治疗。患儿应该在6个月左右行单纯性白内障手术治疗，以避免弱视等相关并发症的发生，影响患儿视力发育。
