对于脑干脑炎的患者，要先确定病因，其次要找到病因，比如病毒脑炎，霉菌性脑炎，细菌性脑炎，寄生虫性脑炎，免疫系统脑炎等。
要做好颅内核磁共振和脑脊液的病理检查和细胞学检测，明确病因，采取降颅压、抗感染、激素、免疫抑制剂等药物进行治疗，对于脑干脑炎要进行及时的处理，以免导致呼吸、心脏停止、各种并发症的发生。
一般来说，脑干损伤可通过药物治疗、日常调理的方式进行处理，具体分析如下：
针对出血引起的脑干损伤，建议通过手术的方式进行治疗；也可以用甘露醇进行脱水治疗，缓解症状；针对外伤或炎症引起的脑干损伤，可以在医生的指导下应用单唾液酸四己糖，神经节苷脂等药物，配合抗生素，糖皮质激素进行治疗。在日常生活中，患者要注意饮食健康，戒烟戒酒，以清淡和易消化的食物为主，忌辛辣刺激的食物，多吃新鲜的水果和蔬菜，少食多餐，不要暴饮暴食，保持心情舒畅，适当运动，比如慢跑、游泳等，有利于身体健康。
通常情况下，脑干梗死可以通过手术治疗、理疗、使用药物等方式进行治疗。
脑干梗死病人会有眩晕、身体失衡、吞咽困难、喝水呛咳嗽等症状。若有吞咽障碍、饮水呛到，短时间内无法康复，则需将胃管切开，并保持胃管内营养，给予鼻内喂食，待病情平稳后，再进行平衡训练和针灸。病情较重的时候会表现为肢体瘫痪、肢体瘫痪等症状，大部分病人还会伴有颅内压力升高和脑积水，可以采用醒脑静、醒脑、甘露醇、甘油果等药物进行醒脑。
治疗包括加强支持和对症治疗，控制感染，维持营养和水电解质平衡。对有延髓性麻痹、吞咽困难和呼吸衰竭者，应采用鼻饲，气管切开，人工辅助呼吸等。有颅内压增高者，应给予脱水剂，并加用皮质类固醇药物，以改善神经症状。
脑干损伤经过专门的治疗以后，后期一定要好好护理，可能会产生一些后遗症，在出院以后一定要按照医生的嘱咐按时服用药物，并且一定要定期复查，以后也要注意不要干重体力活。
可以适当输液一些活血化瘀，营养神经的药物。如小牛血，丹参，天麻，舒血宁等，定期复查，还可以口服药物配合治疗，平时可以适当户外运动，强身健体，促进血液循环。根据病情的严重程度采取溶栓治疗，低盐低脂饮食，多吃蔬菜及水果。
