在治疗上，可以药物和物理治疗相结合的原则。选择药物抗炎的同时，还可以用妇科物理治疗如：妇科微米波、纳米波、体外短波、宫颈光谱、红光治疗仪，以及在宫颈处直接上药等，可使炎症消除、达到治标、治本的功效。
用抗炎类的药物进行治疗。而对于那些经常反复出现炎症等原因引起的宫颈囊肿的女性，应当进行相应的手术治疗。平时的时候，也需要注意个人的卫生。在宫颈囊肿的治疗方法之中，心理治疗对于疾病治疗是很重要的。
宫颈的上皮细胞，随着体内的雌激素水平的高低会出现变化，宫颈纳氏囊肿不会影响怀孕。如果宫颈囊肿比较大或多发，或引起白带异常的症状，需要进行治疗。可以做微波、利普刀、冷冻、激光等物理治疗，在月经干净后三到七天可以做治疗，治疗以后一个月内不要性生活，治疗后要注意复查。
宫颈囊肿可以激光、冷冻、微波等方法。一般没有临床症状，是不需要治疗的，除非还伴有宫颈糜烂、白带异常、腹痛等情况，可以使用女性护理液对外阴进行清洗，避免有害细菌从阴道入侵诱发炎症，并且定期做检查。
宫颈囊肿一般可以通过手术进行治疗。
宫颈囊肿是一种生理上的改变，当鳞状上皮代替柱状上皮时，会有新的鳞状上皮覆盖住子宫颈腺管，堵塞腺管，造成腺体分泌物的排泄。
子宫颈囊肿的发生是由于子宫颈局部的损伤，或是由于长期的炎症，引起的腺管口狭窄。浅表的宫颈囊肿是在宫颈表面突出的，如果是深层的宫颈囊肿，那么在宫颈表面上看不出任何的异常，就会出现宫颈的肥大。子宫颈囊肿一般是不需要治疗的。
