卵巢囊肿的治疗方式与病患的年龄，是否恶性，囊肿的部位，体积，大小，生长速度，是否保留生育功能以及病患的主观愿望等因素都有关。治疗卵巢囊肿以手术治疗为主，可以给予腹腔镜下卵巢囊肿剥除术。
卵巢囊肿属广义上的卵巢肿瘤的一种，卵巢肿瘤是女性生殖器常见肿瘤，有各种不同的性质和形态。小而无痛的卵巢囊肿可以进行定期锻炼，运动是治疗卵巢囊肿的基石。可以做慢跑，仰卧起坐，提肛运动，不要剧烈运动。平时注意营养均衡，避免疲劳。
如果囊肿尤其是月经干净后复查在五厘米以上，建议病人先明确囊肿是良性还是恶性，在怀孕前把囊肿去除；如果是良性的囊肿，且较小，一般是不会对胎儿有影响的。可以继续妊娠；如果囊肿很小，对排卵功能没有影响，那么就不会影响怀孕。
卵巢囊肿的消除应该视病情而定，小于五厘米又没有查到明显的肿瘤指证的病人，多为功能性囊肿，可以密切观察，2至3个月检查一次，视病情情况采用药物治疗，中药西药都有比较明显的疗效，肿囊肿直径大于五厘米，则多为卵巢肿瘤，对此应该采用手术治疗，卵巢囊肿的危害相对比较大，因此必须认真对待，积极治疗，可以到正规医院诊治。
卵巢囊肿的检查需要医生指导下的药物控制，平时应注意定期复查。如果文窝囊肿超过5厘米，就去医院做手术。治疗卵巢囊肿时避免进食。平时，不吃辛辣食物，也不吃海鲜饮食，避免吃发制品，以免加重刺激。
如果是单纯性卵巢囊肿，通常用中药治疗。首先，应该进行全面的检查。根据检查结果、囊肿的大小和囊肿的位置，应进行选择方案。如果卵巢囊肿的直径小于5厘米且不是肿瘤，则大多是功能性囊肿，可以用中药治疗，密切随访，每2-3个月检查一次，然后根据情况调整检查间隔。
