使血中胆固醇水平升高，嗜睡不醒，头痛或头晕，烦躁不安。心脏血管方面，会引起血压高，心动过速。最常见的是消化系统，有食欲不振、恶心、呕吐、腹泻或是便秘等。此药副作用虽然比较多，但不一定都会出现，与个体差异有关，有轻有重。
帕罗西汀是治疗焦虑症的，一般精神类的药物从服用到起效需要有十天左右的时间，晚上失眠可以适当服用改善睡眠的药物来帮助睡眠，主张在睡前要歇息一下，放松身体和心境有助于进入睡眠，可以听听轻音乐，用热水泡脚缓解疲惫，也有助于进入睡眠，坚持室内的空气流通和安静的环境。
此药服用2到3周。之后再根据病人的反应看是否需要调整剂量，每周以10mg量递增，每日最大量可达50mg/d。在强迫性神经症患者中，正常剂量20mg/日，每周以10mg量递增，每日最大剂量可达60mg。惊恐障碍患者因其早期症状可能加重，从10mg/d剂量开始，根据病人的反应，每周以10mg量递增，正常剂量为40mg/日，最大剂量可达50mg/日。
长期使用盐酸帕罗西汀片可能会出现胃肠道不适，如恶心、厌食、腹泻等。亦可出现头痛、不安、无力、嗜睡、失眠、头晕等。少见不良反应有过敏性皮疹及性功能减退。然停药可见撤药综合症，如失眠、焦虑、恶心、呕吐和胃肠胀气；其他还有乏力、性功能障碍(包括阳痿、性欲下降)副作用。低钠血症者较少见，主要发生在老年人，通常在停药后迅速恢复。而且在维持治疗期间药物剂量未变，也没有任何心理社会应激事件，却可能出现抑郁复发。
盐酸帕罗西汀片的副作用常见有胃肠道的不适，如恶心、厌食、腹泻等，也可出现头痛、不安、乏力、嗜睡、失眠、头昏等。少数不良反应可有过敏性的皮疹及性功能减退，突然停药可见撤药综合征，如失眠、焦虑、恶心、呕吐、胃肠胀气，还有乏力、性功能障碍，如阳痿、性欲下降等。
帕罗西汀可以改善患者的睡眠障碍，包括夜晚很难入睡，减轻乏力感，增强对日常活动的兴趣，减轻患者食欲减退的症状。也可以改善患者在患病期间出现惊恐、心悸、出汗、气短、濒死感的症状。
