肝内胆管结石不会自愈。如果患者有手术指征及早进行手术治疗。采取的手术方式是高位胆管切开取石术。如果患者肝内胆管结石造成某一叶的肝脏萎缩，可以行肝部分切除或者肝段切除。
肝内胆管结石不能自愈，需要系统进行医学治疗，多继发于胆道系统感染或者有胆道蛔虫的病史，以及外伤之后导致的胆管损伤，或者先天性发育异常，有解剖胆管变异，容易导致胆汁淤积，继发形成结石。
肝内胆管结石体积相对较大且超过2-3厘米，要尽快的做手术。如果体积小于一厘米，可以先做一些简单的处理，可以服用一些能促进胆囊功能、排石和保肝的药物进行治疗，并且要定期复查。肝内胆管结石是难以通过微创手术治疗的。内窥镜和导丝不允许进入更深的石头位置。要继续口服药物，并每三个月进行一次审查。如果结石增加明显，应该考虑手术治疗。平时注意休息，饮食清淡，避免刺激性饮食，注意卫生，避免感染的出现，同时避免过度的劳累。
肝内胆管结石手术费用大概1.5万-2万，不同等级的医院，不同地区收费标准不一样的。疾病严重程度不同，收费也不相同的。生活中注意调养，按时作息，少熬夜，多喝白开水，多吃新鲜的水果和蔬菜，进食营养丰富的饮食，忌食辛辣等刺激性食物。
可能需要手术治疗。因为靠保守治疗肝内胆管结石一般不容易排出来的。为了更加慎重起见，同时也是为了对更加负责，还是去到就近的正规医院看看胆道外科医生，做一些必要的临床检查，如术前检查等，以明确最后诊断，方便进一步手术治疗。
肝内胆管结石的花费还需要根据结石的位置、大小、是否引起胆管炎和肝脏萎缩来决定。对于临近第一肝门的肝内胆管结石，可以通过胆总管切开、胆道镜取石的方式进行处理，花费大概需要2万元左右。而对于反复发作胆管炎，引起肝脏萎缩或者癌变的肝内胆管结石，需要进行肝段或肝叶切除术，总体的花费有可能需要3-5万，甚至更高。
