胚胎停止发育的原因有很多种，孕早期胚胎停止发育的原因主要有胚胎染色体异常、黄体功能不全、甲状腺功能减退、免疫系统异常等。孕中期胚胎停止发育的原因主要有:子宫解剖结构的异常、免疫系统异常以及血栓前状态等。
胚胎停育的主要原因，有三个方面：精子质量差。卵子质量差。胚胎质量差，在母体内没有得到良好的生长环境。精子质量不好的原因，主要有精子畸形率较高，不成熟精子的比率较高，精子DNA碎片指数较高。卵子的质量较差，形成胚胎以后在母体内，由于母体情绪抑郁，烦躁，抽烟，喝酒。
胚胎停育的原因有很多，如内分泌失调、免疫因素、子宫异常、染色体异常、生殖道感染、环境因素等。详细检查，如染色体、阴道分泌物、性激素、子宫内膜检查，明确病因后才可对症治疗。
胚胎停育的原因主要有四个方面。生殖内心泌方面，因为胚胎早期发育的时候，需要三个重要的激素水平，分别是雌激素，孕激素，绒毛膜促性腺激素，如果母体自身的内源性激素不够，就满足不了胚胎的需要，就会造成胚胎的停育；生殖免疫的问题，如果自身有某种抗体，就会抵制胚胎的发育等。
生殖道解剖结构异常，内分泌异常，生殖道感染，血栓性疾病因素，免疫因素，其他尚有男性因素，都是导致胎停出现的原因。现在需要检查明确导致胎停的原因，针对性调理确保下次安全孕育。
如果胚胎停止发育两次，常跟以下因素有关系：夫妻双方染色体可能有异常，夫妻二人都做染色体的检查。跟胚胎的基因发育异常有关系，比如胚胎基因缺失，会使胚胎停止发育的。因为孕妇本身患有某种严重的内科病，比如严重的肝、肾功能损害；凝血功能障碍。
