上呼吸道感染的治疗包括抗生素治疗、抗病毒药物治疗等。上呼吸道感染主要由病毒引起，可以选择支持对症的治疗，也可以选择蒲地蓝等清热解毒的药物。
如果是甲流、乙流，可以选择奥司他韦、扎那米韦等抗病毒药物。上呼吸道感染是由细菌感染引起的，可以口服头孢、青霉素等抗生素。如果是支原体、衣原体导致的上呼吸道感染，可以选择红霉素、阿奇霉素、左氧氟沙星等药物。
上呼吸道感染可以吃头孢三天。临床上判定一种抗生素对某个疾病的病原体是否有效一般需要三天时间如果三天没有明显的效果就证明该抗生素对病原体无效。头孢是可以治疗上呼吸道感染。
上呼吸道感染多是由于外界病菌或者细菌等病原体侵入人体引发的感染，同时长时间吸入大量的粉尘、刺激性气体也会出现，有清热解毒和抗病毒作用的中药亦可选用，有助于改善症状，缩短病程。
对于社区获得性上呼吸道感染，选择抗生素比较多的是青霉素类和一代二代的头孢，对革兰氏阳性菌比较敏感。而如果是院内感染的比如是在医院里面出现的交叉感染，选择三代头孢和喹诺酮类，这种抗菌谱比较广一些，主要针对于革兰氏阴性菌的感染。
上呼吸道感染经5到7天就可痊愈，在两周左右还没有见好转的话，可能是由于身体某些部位变成了慢性疾病，伴并发症者可致病程迁延。比如咽炎，喉炎等。可以去复查一下血常规和胸片，如果还有咳嗽吐痰的真转的话，要再做一下痰培养，找出病因，对症治疗。
患儿上呼吸道感染若由病毒感染引起，病毒感染为自限性疾病，需依靠患者自身进行恢复。若患儿出现其他症状，及时就诊进行对症处理，如患儿伴有发热症状，机体较难耐受时，可早期使用退烧药物进行缓解。