肾积水主要的治疗是解除肾积水，不然长期积水容易引起肾实质受压，而导致肾功能减退，甚至肾衰竭而进入尿毒症期。要明确病因，常见的泌尿系结石或肿瘤引起的梗阻，还有前列腺增生引起的梗阻。治疗上要祛除病因，结石引起的通过排石，手术等治疗，肿瘤引起需要手术切除。
肾积水较轻，病情进展缓慢，肾功能已达平衡和稳定状态可观察，但应定期检查了解积水进展情况。可自行解除的梗阻，如孕妇生理性肾积水。肾积水进行性加重，临床症状明显，肾功能不断下降，梗阻病因明确，有并发症存在，应手术治疗。
小孩轻度肾积水通常可以通过手术进行治疗。
肾积水是泌尿系梗阻引起的一种继发病变，是泌尿系结石最常见的一种继发症之一。轻度肾积水应考虑患者年龄、身体各方面功能情况，对尿路梗阻所致肾积水应行手术切除梗阻部位或消除狭窄，再进行再接，以保持输尿管通畅。肾积水应根据病因、发病率、严重性、感染、肾功能损害、年龄、心肺功能等综合指标来治疗。
如果肾积水合并严重感染，导致感染性休克，需及时抢救，感染性休克病死率高达50%。肾积水严重程度不同，对患者的寿命影响也不同，中重度肾积水，可能导致肾脏感染、肾脏积脓、肾功能减退，病情发展可导致肾功能不全，引发尿毒症等严重疾病，威胁患者生命单纯肾积水，对患者的寿命影响不大。
轻度的肾积水对肾脏影响不是很大，但是肾积水逐渐加重进入中重度期后，会造成肾脏感染，随着病情发展，还会导致肾脏变薄、肾功能减退，甚至出现尿毒症的严重后果。肾积水会引起血尿，增加肾肿瘤的发生概率。
