阴茎上长肉芽的原因有患有包皮炎、龟头炎等生殖器感染性疾病，主要是因为发生不洁的性生活而受到感染。包皮垢和细菌刺激龟头导致。不注意个人卫生，导致交叉感染或是病菌直接感染。
一般来说，龟头有小肉芽可能是以下原因：
龟头主要是由于尿道海绵体的前端膨大而成，它是尿液和精液的共同出口以及男性阴茎重要的组成部分，位于阴茎的远端，与阴茎体相连。龟头有小肉芽可能是阴茎珍珠丘疹，一般是不会影响男性健康，也不需要特殊治疗。
患者饮食尽量选择高蛋白的食物；生活要规律，不要熬夜，多休息,保持充足的睡眠；适量增加运动量，锻炼身体，提高免疫力。
阴茎肉芽复发的症状，开始为细小的淡红色丘疹，以后逐渐增大，数目增多，表面隆起，多数质地脆而硬，高低不平的疣状增生，临床上依其形态分为蕈状、鸡冠状、菜花状、乳头状。随着时间的延长，病人传染性降低，复发的可能性亦降低。病人经治疗后6个月不复发，就算临床治好了。
一般来说，阴茎上长肉芽可以使用激光或者冷冻的方式切除。
阴茎有肉芽可能是炎症刺激，赘生物或是湿疣的情况，这是一种性传播疾病，确定是尖锐湿疣引起的，建议可以选择用激光或者冷冻的方法，去除局部的疣体。建议患者这段时间要禁止性生活，建议营养均衡，不要吃辛辣刺激食物，局部清洁卫生，属于良性病变，注意观察即可。
阴茎上长个小肉芽，首先要高度怀疑是尖锐湿疣引起的。
尖锐湿疣分布在阴茎的包皮、龟头、尿道口，甚至阴囊、肛门周围等，表现为乳头样或者菜花样的突起，表面可有分泌物，表面不光滑，触碰时可有轻度的疼痛感，并且触碰时可能存在有出血。如果患者发现自身存在此现象，需要及时前往医院就诊，治疗上用抗病毒的药物治疗，还需使用免疫抑制剂，阴茎上的小肉芽则需要通过手术去除。
