阴茎肉芽由于尖锐湿疣病毒的感染，导致皮肤粘膜的良性增生。主要是以外治为主，内治为辅。外治的方法很多，有药物治疗，冷冻治疗，激光治疗，微波治疗，电烧治疗，手术治疗等。
阴茎肉芽疼多数考虑是尖锐湿疣引起的，也不排除是一些正常的胬肉增生，要到医院专科检查一下。目前如果没有什么不适，可以暂时不用处理，观察为主。明确诊断以后，再针对性用药治疗。
阴茎上长小肉芽很有可能是尖锐湿疣导致的，尖锐湿疣属于性病，感染的途径主要是性接触，但有些人没有不洁性接触也有感染的情况，目前还不能确定，要做局部的检查看是假性湿疣还是尖锐湿疣，尖锐湿疣疣体，是HPV病毒在局部的黏膜感染造成的。
可能是直接性接触引起的。通过不洁性生活进行传播是阴茎肉芽最主要的传播途径，据研究有2/3与阴茎肉芽患者有性接触的人可患阴茎肉芽。通常通过不洁性生活的人，经受损的皮肤和粘膜感染HPV病毒的可能性会加大。
考虑珍珠疹的可能。又称为珍珠状阴茎丘疹、冠状沟或龟头丘疹，也有学者称为毛状阴茎或多乳头状阴茎。目前学者大多认为这是一种正常的生理变异，所以不会对健康造成影响，也不会通过性交感染和传播。
龟头上长了肉芽小颗粒，可以考虑是因为长期的龟头发炎导致的珠状丘疹，或者是在不干净的性生活中受到了病毒感染所致的尖锐湿疣。具体情况分析如下：
患者需要到正规的医院的泌尿外科进行检查，通过血液检查，检测到人乳头瘤状病毒的抗体，如果仅仅是单纯的炎症感染，可以使用抗感染的药物，例如红霉素软膏，夫西地酸软膏等，一星期后，肉芽小颗粒会慢慢消失，如果是尖锐的尖锐湿疣所致，需要激光、冷冻、电灼等治疗。
