通常来说，先天性黄疸是通过药物治疗的。
体内胆固醇水平明显偏高会导致新生儿出现黄疸，新生儿出现黄疸一般使用益生菌、茵栀黄口服液等药物进行治疗。益生菌可以有效调节儿童的肠道菌群，茵栀黄口服液可以有效的减少胆红素的肝肠循环。药物治疗可以很好地降低新生儿的先天性黄疸水平。如果先天性黄疸使用药物治疗无效，可能还要考虑手术治疗。
先天性囊肿的治疗，要看囊肿的具体位置和，如果位置不重要，对人没有影响是不用治疗的。而如果位置比较重要，对人的健康产生影响，可以通过手术切除，所以具体要看囊肿的位置。
癫痫的治疗应注意合理膳食，补充足够营养，某些西药会对消化系统带来影响，导致营养物质的缺乏或代谢障碍。癫痫发作时，应立即平卧、头偏向一侧，迅速松开衣领和裤带，将毛巾塞于上下牙齿之间，以免咬伤舌头。
先天性髋关节错位要到医院骨外科通过手术医治。如果比较轻微，可以通过康复锻炼，配合穿戴矫形鞋来进行康复。先天性的髋关节错位会引起两侧关节不对称，同时还会出现长短腿，引起走路的姿势改变，也会出现高低，将影响美观，还会导致心理自卑，非常严重还会导致生活自理能力下降，无法行走，所以要尽早治疗。
巨睾症是一种x连锁显性遗传性疾病，因为是一种先天性的疾病，所以没有比较有效的治疗方法，但是一般对生命也没有危害，除了睾丸巨大之外，通常不出现其他的临床症状。由于基因突变，有可能会伴有精神发育迟滞，可以表现为行为问题，交流障碍等社交方面的问题，有些病人会出现不能独合适药物活的情况，一般要在病人学龄前进行心理行为方面的干预治疗，药物上可以选择叶酸。
