有巧克力囊肿现象可以通过药物和手术来进行医治，一直期间一定要进行饮食上的控制，多吃一些有营养的食物，不要吃过于辛辣的时候，注意性生活的频次和力道，一直期间不要进行性生活。
巧克力囊肿可以手术治疗。术后注意个人卫生。巧克力囊肿可以逐渐增大，有时会在经期或经后发生破裂，但很少发生恶变。卵巢巧克力囊肿虽然是良性疾病，却有增生，浸润，转移及复发等恶性行为。
巧克力囊肿手术后还会痛经，在手术之后还会有痛经的症状，这主要是因为本身的痛经并不是因为卵巢肿大所导致的，或者说痛经除了巧克力囊肿之外还有别的诱发因素，所以会导致做完了巧克力囊肿手术之后依然会痛经。
巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种表现，由于子宫内膜异位到了卵巢，每次月经出血，血液积在卵巢形似巧克力而得名。如果囊肿小，不一定影响生育。但如果囊肿比较大，在怀孕期间可以引起很多的危险，先进行手术治疗后再怀孕。
按摩。按摩足三里穴。用一只手的掌心按准膝盖的顶部，中指下伸的顶端，向外一横指即是三里穴。可以用针灸，也可以用拇指反复按压。按摩指压点。足部含有一些指压点，被认为与骨盆部位的气路相连。在脚踝双边的凹陷处，皆有指压点。
卵巢囊肿不会引起闭经。巧克力囊肿最明显的症状就是月经来的时候疼的厉害，月经期长，巢囊肿分为两种类型，生理性的卵巢囊肿和病理性的卵巢囊肿。因为每个月经周期，女性卵巢内卵泡都有一个卵泡逐渐的长大，长大成熟以后，这个卵泡就要破裂，破裂以后里边的卵子才能够排出来。生理性的囊肿是卵泡长大后，卵泡无法破裂，卵子无法排出，所以卵子无法与精子结合，不能受孕。但是卵泡内的颗粒细胞是会发生转变的。
