进行肛门检查，首先应当选择合适的体位，可选择膝胸位、截石位、弯腰俯卧位，有时也可以采取左侧卧位，选择合适的体位，对检查疾病有很大的帮助。首先应当进行肛门视诊，观察肛门的位置是否有异位变形等。然后观察肛门周围的皮肤及颜色，是否存在着红斑、糜烂、渗出，是否有肿物。
如果同房导致妊娠，可以在7-10天后用早孕试纸进行检测，也可以到医院采血检测HCG和孕酮，可以初步诊断妊娠。现在怀疑自己怀孕了，可以去药店买一个怀孕测试棒或早孕试纸来测试，以确定怀孕，月经推迟约10天前去医院做B超检查，以确定是否怀孕。
肝胆检查是肝胆脾胰肾彩超。经过肝胆脾胰肾的彩超检查，多可发现患者肝脏，或者胆囊内的疾病或者病变。如患者发现肝脏的占位性病变，需要进一步查上腹部的增强CT或者核磁检查，看患者肝脏占位的性质以及良恶性。
胃镜检查时，医生右手持镜前段将胃镜放入舌根部，此时病人进行吞咽动作，将胃镜送入食道，而后继续向下送镜子观察胃及十二指肠情况。肠镜是利用一条装有微型摄影机的纤维软管进行检查，其由肛门进入肠道，顺势观察肠腔情况。
早期肛瘘通过直肠肛门指检，可以摸到条索状的一个管道、大部分通过目测和直肠肛门指诊即可检查出来，少部分复杂或难以确诊的，做腔内超声或者是肛周超声或核磁共振进行确诊，通过直肠腔内超声，能够发现直肠肛围的脓肿、管道等。
