由于这种疾病可以在盆腔的各个位置出现，所以手术的方式也是不尽相同的，正常如果是开腹手术，费用可能会比较低，大约在10000元左右。如果是使用宫腔镜手术，费用可能会在15000元左右。另外，术后常规应该使用药物，防止双侧卵巢巧克力囊肿复发，这种药物使用3-6个月，价格也是比较高的。
卵巢巧克力囊肿，直径达到或超过3厘米者，应接受手术，清除“炸弹”爆炸的危险。此时手术多采取巧克力囊肿剥除术，从而最大限度地保留了正常的卵巢组织，传统剖腹手术或腹腔镜手术都能达到治疗目的。术后还需要服用药物巩固疗效，防止卵巢巧克力囊肿的复发。
巧克力囊肿一般术后不会复发的，配合生活方面注意就可以了。平时一定要注意休息，饮食要清淡，多喝水，多吃青菜和水果，不要吃生冷辛辣的食物，注意腹部的保暖，定期做好复查，有情况要及时去医院处理。
在月经期间进行手术，会导致出血的增多，在手术的时候不可避免造成组织的创伤，使大量的凝血因子激活并消耗，在这期间进行手术术中的创面渗血较多，影响手术的操作，术后渗血较多，会引起气道的受压等继发性的问题。
巧克力囊肿手术后不会影响受孕的。卵巢巧克力囊肿属于子宫内膜异位症的一种。引起不孕的原因复杂，如盆腔微环境改变影响精卵结合及运送，免疫功能异常导致抗子宫内膜抗体增加而破坏子宫内膜正常代谢和生理功能。
有的人术后会怀孕，有的人可能长期都无法怀孕。因为手术切除内异囊肿，并不能将所有的内异病灶切除，也无法改变腹腔内环境，因为手术无法解决失衡的生理机制和适合内异囊肿生长的内环境，很容易复发。而且手术无法改善低下的卵巢功能，甚至有可能造成损伤。
