子宫腺肌病和子宫肌瘤病变所在部位都是子宫肌层，但是形成病变的组织是完全不同的，子宫腺肌病是子宫内膜腺体及间质侵入子宫肌层形成的病变，而子宫肌瘤主要是由子宫平滑肌细胞增生。
子宫肌瘤和卵巢巧克力囊肿的医治比较好的方法是通过药物医治，平时要饮食宜清淡，不能吃羊肉、虾蟹等发物，忌食辣椒、生葱生蒜等刺激性食物及饮料多吃蔬菜水果，平时多注意卫生。
子宫肌瘤是良性的肿块，一般小的肌瘤无需治疗，大于５cm子宫肌瘤是可以采取手术治疗，巧克力囊肿是子宫内膜异位症导致，可能出现疼痛，破裂的可能，需要到医院手术治疗。不要吸烟酗酒，月经时期不要吃冰冷的食物．注意少吃含有激素类的食物。
巧克力囊肿是因为子宫内膜异位到卵巢而形成的，一般怀孕是有困难的，现在已经怀孕，如果可以，还是留下比较好。但是如果本身囊肿较大，孕期也有可能会因为受到压迫而发生扭转、破裂甚至恶变，要按时检测彩超和终究标志物。
伴随有巧克力囊肿，同时怀孕的情况下，怀孕对这种巧克力囊肿有抑制卵巢囊肿增大的趋势的可能性。所以如果想要继续保留这种胚胎，在怀孕期间记住要定期复查B超，来了解卵巢巧克力囊肿的情况。
巧克力囊肿是卵巢的，子宫肌瘤是子宫的。子宫肌瘤长在子宫体上，一般不会癌变，会随着闭经后子宫的萎缩而萎缩。巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一个表现，子宫内膜异位症在子宫体上称为子宫腺肌症或腺肌瘤，在卵巢上则称为巧克力囊肿。巧克力囊肿不会癌变。
