巧克力囊肿的症状有痛经，可以在经前、经期、或经后出现，二是月经紊乱，由于巧克力囊肿对于卵巢有破坏作用，造成卵巢不排卵。分泌雌激素的水平也下降，从而导致月经紊乱，不孕不育和腹痛。
巧克力囊肿的在来月经的时候会有痛经的情况，而且平时也会有月经不调的症状，同时比较典型的症状还会有性交疼痛，严重了还会不孕不育，一定要及时到正规医院里做详细的检查。
巧克力囊肿比较大，破裂，或有不舒服的症状，需要手术治疗。手术方法有两种，一种是开腹手术，一种是腹腔镜手术。建议情遵照医嘱治疗，术后少吃辛辣油腻生冷刺激的食物，避免受凉，避免熬夜，定期复查。
种植学说，化生学说和上皮由来学说。常见的有经血逆流，医源性种植，淋巴传播和血管播散等，因为还有免疫学说。只要表现是痛经，而且还会进行性加重，另外还有性交痛，不孕或者月经失调等症状。
巧克力囊肿需要病人的具体病情，进行针对性的治疗，目前此病可以采用药物治疗，比如口服避孕药，适应于轻度病人。孕激素治疗即服用高效孕激素造成假孕，还可以通过手术治疗。
