阴茎上长个小肉芽，首先要高度怀疑是尖锐湿疣引起的。
尖锐湿疣分布在阴茎的包皮、龟头、尿道口，甚至阴囊、肛门周围等，表现为乳头样或者菜花样的突起，表面可有分泌物，表面不光滑，触碰时可有轻度的疼痛感，并且触碰时可能存在有出血。如果患者发现自身存在此现象，需要及时前往医院就诊，治疗上用抗病毒的药物治疗，还需使用免疫抑制剂，阴茎上的小肉芽则需要通过手术去除。
阴茎长小肉芽，考虑是尖锐湿疣的，主要是，高危性生活引起的传染性疾病的，如果尖锐湿疣，需要及时治疗，一般通过激光或者冷冻治疗，如果是颗粒，冠状沟部位考虑是珍珠疹。
到正规医院检查，做醋白实验即可。如果确诊为尖锐湿疣，可以做激光治疗，治疗后口服阿昔洛韦，多糖蛋白，禁房事。锻炼身体，提高抵抗力，减少复发。龟头上长肉芽状的东西临床上多是由于尖锐湿疣引起的，尖锐湿疣会导致病人的生殖器上长出小而柔软的淡红色丘疹，针帽或米粒大，逐渐增大，且数量逐渐增多，成为乳头瘤样、菜花样、鸡冠样或蕈样的赘生物。
阴茎肉芽的病变非感染因素多是由于包皮过长，清洁不够，包皮和龟头之间的不洁之物，即包皮垢，便会堆积起来，刺激局部的包皮和粘膜发生炎症。应注意局部卫生情况，及时到正规的专业的男科医院做相关检查，明确病因，针对性治疗，以免影响生活质量。
阴茎上长肉芽的原因有患有包皮炎、龟头炎等生殖器感染性疾病，主要是因为发生不洁的性生活而受到感染。包皮垢和细菌刺激龟头导致。不注意个人卫生，导致交叉感染或是病菌直接感染。
可能引起阴茎上不痛不痒的小肉芽的常见原因有：珍珠疹、尖锐湿疣、假性湿疣、息肉等。去医院进行体格检查、醋酸白试验等检查确诊，必要时行激光术或冷冻术后行组织病理检查确定性质，平时注意局部清洁卫生，多喝水，忌烟酒及辛辣刺激食物。