对于先天性心脏病，最好的治疗方法就是进行外科手术。比如主动脉瓣狭窄、肺动脉瓣狭窄、主动脉收缩等。如果能得到及时的外科治疗，那么治愈率就会很高。先天性心脏病经解剖学处理后，可使其恢复正常。如果患者有先天性心脏病，那么就可以恢复到正常人的生活方式和生活品质。对于先天性心脏病，尽早诊断和治疗是非常重要的手段。
先天性鼻泪管阻塞治疗可以用热敷按摩泪囊区，也可以用滴眼液。如果半年后不能恢复，需要及时手术。是儿童常见疾病。大多数孩子可以在2到3个月的时候自动通开它，这种疾病会导致儿童流泪并增加眼睛分泌物。
先天性内翻通常需要手术治疗和矫正，如果在年龄段，先天性内翻通常伴有肌肉萎缩，此时治疗效果不是很好。治疗效果越早，治疗效果越好。对两岁以内的家庭来说，治疗效果是好的，因为那时骨骼和肌肉没有萎缩，功能恢复也不好。
足内翻可以进行手术矫正。足内翻多见于高弓足，也就是马蹄内翻，病人的脚跟会向里倾斜，足部也会下垂。早期诊断足内翻，可以采用功能重建的方式，即利用更大的肌肉力量进行转位，使已经退化或功能减退的肌力得到恢复，而内翻要恢复外侧肌力，下垂要使上翘的功能得以恢复。严重的患者可以采用截骨术进行生物力学的修复。足内翻矫正主要是为了纠正畸形的生物力线，避免关节退化，从而诱发关节炎。
治疗气胸应根据患者病情的严重程度，采用相应的治疗方案进行治疗。气胸量小于30%的患者，如果身体没有不适症状，则不需要特别处理，可以继续观察，但患者应定期前往医院复查胸片。如果患者的气胸量较大，应采用胸穿抽气与胸腔闭式引流术进行治疗。对于反复发作的气胸患者一般采用胸腔镜肺大疱切除手术加以治疗。治疗期间患者应尽量少说话，减少肺部活动。
梗阻性肥厚型心肌病考虑与遗传有关，治疗分药物治疗和手术治疗。主要有以下治疗，药物治疗首选β受体阻滞剂，如美托洛尔，以减慢心室率改善梗阻症状。可以做肥厚梗阻心肌的外科切除术。应避免应用洋地黄制剂，对该疾病有效性尚不明确也应慎用，硝酸酯类药如硝酸甘油因扩张外周小静脉，导致回心血减少加重梗阻应避免使用。如果合并猝死风险且ICD指征明确应在安装植入式心律转复器预防猝死。
