卵巢畸胎瘤很容易当成囊肿，卵巢畸胎瘤是一个来源于原始生殖细胞的肿瘤，卵巢畸胎瘤是从母体带来的。畸胎瘤主要是有多皮层组织构成，所以当畸胎瘤切下来之后，里面可以有脂肪。
畸胎瘤和巧克力囊肿是两种来源不同的肿瘤和囊性病变，畸胎瘤是卵巢生殖源性肿瘤，巧克力囊肿是由于子宫内膜异位到卵巢上，随着子宫内膜的周期性出血，血液不能排出而形成的囊性病变，二者治疗均应通过手术切除，而且两者，绝大部分都是良性的，畸胎瘤有可能有恶性的。
对身体有很大危害，畸胎瘤一旦确诊，必须争取早期手术切除，以避免良性畸胎瘤因耽搁手术而导致肿瘤恶变，同时可预防肿瘤感染、破裂、出血及并发症的发生，巧克力囊肿是子宫内膜异位到卵巢造成的，大都有痛经的，巧克力囊肿和畸胎瘤的区别在于病情性质不同，但复发几率巧克力囊肿比较高，怀孕了对巧克力囊肿有治疗作用，畸胎瘤则有良性，未成熟及恶性之分，大多需要手术治疗。
畸胎瘤比较严重的。巧克力囊肿是子宫内膜异位症形成的，平时来月经的时候肚子会痛，畸胎瘤起源于潜在多功能的原始胚细胞，多为良性，但恶性倾向随年龄增长而呈上升趋势。不管是哪个疾病，在发现了之后一定要即使的治疗。
畸胎瘤会严重一点，但卵巢畸胎瘤和卵巢巧克力囊肿也都属于卵巢囊肿的一种类型，卵巢巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种，还是比较麻烦的，复发的可能性比较大，卵巢畸胎瘤只要切除，一般复发的可能性比较小。
