引起甲状腺囊肿的原因如下：
1.例如甲状腺相关疾病，如甲状腺功能亢进症、甲减会引起甲状腺肿大。除相关疾病外，人体长期存在炎症时，缺乏碘、硒等微量元素也可引起甲状腺激素合成异常，导致甲状腺囊肿的形成。
2.甲状腺囊肿是良性甲状腺结节的一种，生活上长期生活习惯不规律，经常熬夜，人体节律紊乱，免疫力低下，甚至引起甲状腺囊肿。
甲状腺囊肿切除后需要做病理检查的。因为甲状腺囊肿有部分存在恶变的可能性，所以要排除甲状腺癌的可能性。如果是甲状腺癌，需要进一步手术及化疗等治疗。病理检查是为了验证诊断，如果是囊肿可以不用继续治疗，如果不是囊肿而是腺瘤或者恶性肿瘤就需要手术后继续治疗。
一般来说，甲状腺囊肿能治好。
甲状腺囊肿是指在甲状腺中发现含有液体的囊状物。一般情况下，甲状腺囊肿属于良性病变，通常能治好。如果囊肿肿大不影响到颈部外观，或者压迫其他的器官和喉返神经，观察即可；如果特别大，影响美观，或造成身体不适，可以进行囊肿摘除术。
患者在日常生活中应当加强身体锻炼，注意保暖，饮食清淡，不吃刺激性食物多，吃富含钙质的食物，不要吃刺激和油腻的食物。
甲状腺囊肿的危害主要与囊肿的大小有关，小的囊肿并不会造成危害，但是囊肿比较大的时候可能会引起颈部不适，甚至压迫气管和食道，出现吞咽困难、呼吸困难等症状，所以甲状腺囊肿的主要危害在于压迫症状，同时也有可能继发感染破裂或癌变。所以甲状腺囊肿的危害比较大，小囊肿定期检查不会有太大的问题，如果囊肿比较大，可以做甲状腺手术、硬化或者射频消融等治疗。
甲状腺囊肿有的可能会自愈。
甲状腺为单纯囊肿，如2-3mm，甚至1mm等很小时，经过一段时间复查后，可发现不进行治疗，甲状腺囊肿也会消失，之后可能也不再出现。但甲状腺囊肿较大时，完全消失的可能性就小，囊肿可能会变小，但不容易完全消失。因此，甲状腺囊肿是否能自愈不能一概而论，小的单纯囊肿可能自愈。甲状腺囊肿一定要根据情况进行具体分析，不要自行处理，需要去医院就诊，向医生寻求最佳建议。
甲状腺囊肿属于良性疾病，当囊肿较小时，对人体的身体健康没有影响，一般不需要特殊治疗，定期进行甲状腺彩超，甲状腺功能检查等随访。如果囊肿持续增大，出现压迫症状，或者疑有癌变，应择期慎重考虑手术治疗，术后长期以甲状腺激素替代。
