应该先进行大便常规的检查，明确具体的病因以及病情，明确是否存在脱水或是电解质紊乱等情况后再进行相应的治疗，轻度的一般口服一些消炎药、助消化药或是止泻药就可以了，严重的需要去医院输液的，及时纠正水与电解质的紊乱，避免发生一些并发症。此外需要注意一下平时的饮食清洁卫生。
新生儿巨细胞病毒感染主要是孕妇产前感染、产后新生儿直接感染巨细胞病毒。还有可能通过哺乳引起传染的。宝贝患有该病，临床可以出现气促、肝脾肿大、刺激样咳嗽等症状，巨细胞病毒存在于宿主咽部、唾液腺、子宫颈、阴道分泌物、尿液、精液、乳汁及血液中，可造成胎儿先天性感染、围生期感染以及出生后早期感染。
新生儿巨细胞病毒感染可以治好。由于大多数新生儿巨细胞在孩子有症状以后才能诊断出来，新生儿巨细胞病毒感染常常会出现并发症，比如出现早产、低出生体重以及黄疸、肝脾肿大，甚至会引起孩子智力低下、血小板减少等。
新生儿巨细胞病毒感染会引发呼吸系统和肝脏的疾病，主要是在围产期的过程中，可能由于宫颈、产道的逆行感染引起的，也可能会出现巨细胞病毒感染，一部分没有明显的临床症状。
新生儿巨细胞病毒感染的症状主要有：
一、先天性感染。感染后的胎儿除了流产、死产外，约有5%的活婴，有典型的多系统多器官脏器受累。
二、围生期感染。主要是分娩时经过产道感染、经宫颈逆行感染、产后哺乳感染等。出生时没感染症状黄疸，主要有紫癜、早产、脑积水、肝脾肿大、小头畸形、体重过轻、脉络膜视网膜炎、脑积水、脑组织钙化、低钙惊厥、小儿畸形、皮肤瘀斑、脑组织钙化等情况。
巨细胞病毒的感染分为先天性感染（宫内感染）和后天性感染；新生儿生后两-三周以内血清巨细胞病毒IgM和DNA阳性，一般判断为宫内感染。宫内感染主要会影响宝宝听力。宫内感染往往问题很多，而后天感染一般没有症状。