巧克力囊肿应该在中医指导下服用中药治疗。在用药以后需要去医院做B超复查，如果再恢复正常，不需要进一步治疗。如果用药效果不理想，也可以去医院做腹腔镜的微创手术治疗。
巧克力囊肿又叫“卵巢子宫内膜异位症”，这是子宫内膜“跑”到了卵巢组织内部，并和子宫同步出现周期性出血，这些陈旧血液，日积月累变成了巧克力样的颜色，故叫巧克力囊肿。形成巧克力囊肿时间是比较久的。调整好自己的心态。有些时候，心理上的压力会导致月经异常。精神上受挫折、压力大等负面情绪，均会造成月经异常，所以女性朋友必需调整好自己的心态，保持良好的心态非常必要。
巧克力囊肿手术可以选择开腹及腹腔镜两种。如果是开腹手术需要5千元-6千元；如果是选择微创手术腹腔镜，费用要高些7千元-9千元；因为巧克力囊肿的特殊性，术后是需要服用药物或是打针防止复发的。根据做的方法不同费用5千元-8千元；术后需要应用防止复发的药物。
巧克力囊肿的早期症状是痛经，且呈进行性加重，有的也可没有症状，是由于不孕症，去医院检查时才发现的。巧克力囊肿的症状主要是月经量多、痛经、腹部包块，尤其是会出现性前时疼痛出血。
中医上没有明确记载巧克力囊肿，但是中医认为巧克力囊肿的形成多和病人的生活习惯，或自身脏腑功能失调有很大关系，根据中医辨证治疗的法则，以活血化瘀，软坚散结，疏通经络等为立足点，重点辨证虚实，寒热，畅阻，从内调节脏腑功能，可以标本兼治，治好巧囊，治疗后复发率低。
导致巧克力囊肿最严重的原因有：一，生理原因：女性的子宫内膜在正常的情况下面是在宫腔之中生长的，生理期的到来，其会剥落之后重新开始增厚生长。随着长在卵巢位置的内膜不断增厚，淤积的内膜会越来越多，使得卵巢的位置出现了囊肿。内分泌因素：卵子并排卵、内分泌激素、平衡内分泌的重要器官，多发生于内分泌旺盛的生育年龄。例假就没了，造成垃圾排不出来，在卵巢里形成了囊肿。
