巧克力囊肿手术后还会痛经，在手术之后还会有痛经的症状，这主要是因为本身的痛经并不是因为卵巢肿大所导致的，或者说痛经除了巧克力囊肿之外还有别的诱发因素，所以会导致做完了巧克力囊肿手术之后依然会痛经。
巧克力囊肿手术后，一般的一个月以后就会来月经的，是按手术的时间推算的。手术一般都是在月经干净后做的手术。术后清淡饮食忌腥辣，避免着凉。不要担心，保持情绪良好，在此期间，顺其自然就可以了。主要的是要注意术后的疗养。
巧克力囊肿比较大，破裂，或有不舒服的症状，需要手术治疗。手术方法有两种，一种是开腹手术，一种是腹腔镜手术。建议情遵照医嘱治疗，术后少吃辛辣油腻生冷刺激的食物，避免受凉，避免熬夜，定期复查。
生长在卵巢的巧克力囊肿，囊壁常常很糟脆，在手术分离过程中，几乎没有不发生破裂的。这一特点提示巧克力囊肿可能具有一种自发破裂的倾向，实际情况也是如此。囊肿破裂后，小的破口可以很快自行愈合，并与周围组织形成粘连；如果破口较大，则无法自行愈合，其浓稠的巧克力样囊内液可流入腹腔，这种巧克力样液体的刺激性极强，可刺激周围的腹膜，引起剧烈的腹痛，如果处理不及时，还可能导致弥漫性腹膜炎，造成致命的后果。
按摩。按摩足三里穴。用一只手的掌心按准膝盖的顶部，中指下伸的顶端，向外一横指即是三里穴。可以用针灸，也可以用拇指反复按压。按摩指压点。足部含有一些指压点，被认为与骨盆部位的气路相连。在脚踝双边的凹陷处，皆有指压点。
巧克力囊肿术后的恢复2到3个月都不等，需要身体的机能状态恢复正常，身体的内分泌才能逐步平衡，巧克力囊肿一般不会明显影响到卵巢功能，所以目前主要是形成规律的生活方式，促进内分泌平衡调理就可以。
