牙齿矫正的坏处主要是有可能导致牙槽骨发生吸收，形成人为的牙周病，也可能会产正畸性牙龈炎或者是牙周炎，因为正畸需要移动牙齿及牙根，在移动过程中可能会使周围牙槽骨吸收。
如果牙齿出现排列不齐，一般做牙齿的矫正对身体来说是没有什么危害的。通过牙齿矫正可以矫正牙齿的咬合关系，而且是面容变得更加美丽，对身体来说也没有什么副作用。做牙齿矫正也是越早越好，一般在十二三周岁的时候就可以做牙齿矫正，可能需要一年两年的时间。
地包天医学上称为下颌前突。如果是孩子1-2岁由于吃奶瓶姿势不正确，引起功能性下颌前突，可通过纠正哺乳姿势，配合功能性的矫治器可矫正下颌前突。如果出现下颌前突程度不严重，孩子在11-12岁左右，可进行正常的正畸处理，这样可以抑制下颌的生长，促进上颌的发育，从而矫正下颌前突。如果在成年后且骨性的、遗传性的下颌前突，程度比较重，需要进行正畸正颌联合处理。
牙齿矫正的后遗症是牙齿松动，牙根吸收，损伤牙槽骨，牙体牙髓病等症状。牙齿矫正的后遗症主要是牙齿松动，在牙齿矫正的危害中，出现牙齿松动是比较普遍的。因为牙齿矫正的过程，牙齿周围的组织也在发生不断的移位、重建。
可以用一系列隐形矫治器安装于舌侧，即可进行牙齿矫正，比如带牙套的方式，还有烤瓷牙，严重的骨骼畸形也能通过正颌外科手术结合正畸的综合治疗，还可以选用特制的正畸牙刷。
牙齿矫正是没有危害的，但如果医生操作不规范，或者矫正后没有护理好，还是有影响的。牙齿矫正的周期很长（通常带矫治器和保持器约需2～3年），长期带矫治器，必然会引起牙龈的排斥反应，导致出现牙周炎及牙龈萎缩的后遗症。
