通常情况下，巧克力囊肿和子宫腺肌症可以通过药物、手术等来治疗。具体分析如下：
巧克力囊肿是子宫内膜异位到卵巢后，内膜增生形成的囊肿，囊肿内有血瘀如同巧克力糊状。巧克力囊肿可以口服雌激素治疗，减少内膜增生，缩小囊肿，还可以在宫腔内放置节育环，释放孕激素，抑制囊肿生长。还可以通过巧囊切开引流术，彻底清除病灶。
子宫腺肌症是子宫内膜生长到了子宫的肌层，一般应用芬必得等非甾体抗炎药来缓解痛经，然后进行腺肌症病灶切除术。
一般情况下，子宫腺肌症合并腺肌瘤需要积极治疗。
患有子宫腺肌症合并腺肌瘤，主要是由于长期遭受慢性炎症刺激导致的基因变异，可以根据患者的症状情况来采取保守的方法治疗，例如可以用中医中药进行调理，建议选择桂枝茯苓丸、血府逐瘀胶囊进行系统的治疗，也可以及时采取手术治疗。对于治疗这两种疾病都有不错的效果；期间要避免患者进行性生活。
患有子宫腺肌症和巧克力囊肿，只能说自然受孕的可能性小。应在医生的指导下做相关的检查，如果准备怀孕了，也做b超监测卵泡发育情况，直至观察到排卵，然后在医生的指导下安排同房时间。
卵巢巧克力囊肿，直径达到或超过3厘米者，应接受手术，清除“炸弹”爆炸的危险。此时手术多采取巧克力囊肿剥除术，从而最大限度地保留了正常的卵巢组织，传统剖腹手术或腹腔镜手术都能达到治疗目的。术后还需要服用药物巩固疗效。
子宫腺肌症合并子宫腺肌瘤，平时月经量明显增多，经期延长，进行性痛经也会逐渐加重。这种疼痛一般发生在小腹正中，月经前一周会出现疼痛，等月经干净后才会消失。做妇科检查时，子宫会出现均匀增大或者出现结节状隆起，按压时会有疼痛感，月经期间疼痛会更加明显。一般建议患者及时就医对症进行治疗，防止病情恶化，危害到患者的生命安全
可以先试试药物治疗，但就是需要长期服用，只能起到控制或缓解症状效果，但对于瘤体消除是不太可能的。所以还是考虑做手术切除子宫缓解疼痛。没有什么好的办法，还可以口服药物，也可以通过手术治疗。
