灰指甲的治疗需遵循科学合理的治疗方法，临床以应用抗真菌药物为主要治疗手段，不建议患者通过一些民间偏方、土方等没有科学依据的方法来治疗，以免加重病情。
感染灰指甲与真菌有密切联系，因此在治疗上需从杀灭真菌开始着手。抗真菌药物可分为口服和外用两种类型，绝大多数灰指甲患者可通过外用抗真菌药物改善症状，如亮甲复方聚维酮碘搽剂，该药是治疗灰指甲的常用药物，所含的聚维酮碘和阿司匹林能够起到杀菌抑菌、消炎止痒的作用，可改善灰指甲引起的多种不适症状。若患者症状较为严重，也可与特比萘芬、伊曲康唑等口服药物进行联用，治疗效果更好。
需注意的是，灰指甲的用药建议在医生的指导下进行，需足量足疗程，以免真菌残留，导致疾病复发。
高蛋白饮食是维持健康指甲所必需的，蛋黄是蛋白质的好来源。燕麦片、核果、种子、谷物、豆制品都富含植物蛋白。多吃蔬菜水果：水果和蔬菜应占每日饮食的50%。补充营养素：如蛋白质、维生素A或维生素A乳剂、啤酒酵母、钙及镁及维生素D、维生素B、维生素C等。忌食辛辣品。
真菌检查包括直接镜检、真菌培养、组织病理检查等。需要通过抗真菌的药物改善。刮取碎甲及甲下碎屑，镜下可见真菌菌丝。真菌培养阳性。外部表现可见甲板失去光泽，日久甲板变脆而破损脱落。多呈灰白色，且失去光泽；甲板增厚显著，表面高低不平。其质松碎，甲下常有角蛋白及碎屑沉积。有时，甲板可与甲床分离。
白醋可以软化灰指甲。注意保持局部清洁卫生习惯，避免瘙抓，预防扩散。坚持使用抗真菌的药物控制，如想的软膏外涂。治疗灰指甲的方法很多，外涂药、内服药，外科手术拔除病甲等都非常有效。
轻度的灰指甲，比如很浅表的，没有明显增厚的，可以通过外用药来治疗。可以用冰醋酸，或者甲搽剂，像女孩子涂指甲油一样，涂在指甲上，但是含有药物的，还有一定渗透性。