卵巢巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种病变，囊肿积血多呈巧克力糊状，对不同的病人治疗方法不同，有生育要求的一般采用药物治疗，情况严重无生育要求的可以手术治疗，大概要花3000元-5000元。
如果巧克力囊肿直径小于五厘米，没有合并任何不适，可以定期的复查。如果巧克力囊肿直径大于五厘米，并且是持续存在，需要手术治疗。巧克力囊肿是一种良性病变、恶性行为，特别容易复发。
可以试试中药诊脉调理，对这种病有效果。注意姿势端正，调节情绪。注意休息饮食起居，少吃辛辣刺激，少吃膨化食品碳酸饮料。多喝温热蔬菜汤。热敷理疗，注意保持清淡饮食为主，忌食辛辣刺激性食物和过于油腻的食物，注意戒烟戒酒。
巧克力囊肿与中医的气滞血瘀有关，与宫寒，或是湿热的炎症引起的血瘀有关，需要中医把脉或四诊辨证检查诊断，进行治疗，主要是以活血化瘀，把巧克力囊肿消散掉，或是使月经调顺，月经正常，经来不痛。
巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种病理表现形式，即子宫内膜正常应该在宫腔内，但是有一部分内膜异位到卵巢，所以巧克力囊肿里面都是血液，子宫内膜异位不容易怀孕，囊肿小可以行中医治疗，囊肿大建议行西医治疗。