自身免疫性甲状腺炎并不能彻底根治。
治疗的目的主要是要保证甲状腺功能的正常，一般有弥漫性甲状腺肿或者是轻微的甲状腺疼痛。在不明显的情况下，不需要特别的处理。建议定期进行碘营养补充。如果有压迫感，可以选择手术，配合中药，可以减小术后的复发风险。
建议患者在生活中主要饮食健康，避免食用辛辣、刺激性食物。
本身免疫性甲状腺炎不能根治，但在临床上也不会有太大的影响，就拿桥本甲状腺炎来说，就是一种自身免疫性甲状腺疾病。
一般情况下，甲亢的情况一般不会很严重，因此抗甲状腺药的用量也比较少，大部分桥本甲状腺炎都有可能发展为桥本甲减，因此在治疗上要通过补充甲状腺激素来进行治疗，主要是为了将甲功恢复到正常，并没有太大的危险。
慢性自身免疫性甲状腺炎可以通过口服药物进行治疗。慢性自身免疫性甲状腺炎是很常见的一种甲状腺疾病，发病机制是由于体内免疫系统异常导致甲状腺出现问题。
慢性自身免疫性甲状腺炎又称慢性淋巴细胞性甲状腺炎、甲状腺炎、桥本病等。多见于中年女性，病程长，发病缓慢，甲状腺呈弥漫性、轻至中度肿大，质地坚韧，多无症状，疼痛少见，偶尔也可有轻度疼痛或触痛，见于甲状腺肿生长形成快、抗甲状腺抗体滴度明显升高者。
自身免疫性甲状腺炎是指淋巴细胞浸润，伴自身抗体形成，引起甲状腺肿大、损伤、功能异常的疾病。该病多与遗传、环境因素有一定关系。
将甲状腺组织误认为抗原而形成抗体，在抗体的作用下引起甲状腺组织的功能损伤和结构损伤，是具有淋巴细胞浸润的自身免疫功能异常。早期疼痛，短暂甲状腺功能亢进，后期主要发生甲状腺功能减退。