治疗主要是补充甲状腺激素，即左甲状腺素钠片，可以通过系统的治疗2-3年之后，可以考虑停药1个月，再来检测甲状腺功能，假如甲状腺功能正常，也可能是暂时性的先天性甲状腺功能减退，也可以停药可以定期监测。
甲状腺功能低下可以使用药物性甲减治疗，常见甲减的原因是桥本甲状腺炎，碘131治疗或手术后出现的并发症，需要根据甲功结果给予药物治疗，每3-4周复查一次甲功，直至甲功恢复到正常，三个月到半年复查一次甲功。而对于继发性甲减，需要找到病因。
新生儿在分娩后48小时以上就需要行新生儿疾病筛查，主要包括甲状腺功能减退症，苯丙酮尿症等。如果检查确诊是甲状腺功能低下，需要结合药物治疗，具体用药遵医嘱。如为永久性甲状腺功能减低症予终身治疗。
一般情况下，甲状腺功能低下能否治愈需要根据病因进行判断，具体内容如下：
1.能治愈：单纯缺碘可能会造成患者甲状腺合成甲状腺素较少，导致患者甲状腺功能低下，此时，甲状腺功能低下是能治愈的，患者可以通过适量多吃含碘的食物来促进甲状腺功能恢复正常。
2.不能治愈：甲状腺手术、放射性碘治疗等可能会对伤甲状腺组织造成损害，导致患者甲状腺功能低下，此时，甲状腺功能低下通常不能治愈，患者需要终身服药，以控制病情，缓解症状。
甲状腺功能低下由于原因和表现都不相同。有些患者是由于做了甲状腺手术而导致的甲减，有些患者是由于桥本氏症导致的，有些患者是由于服用了一些药物而导致的。如果出现怕冷、心动过缓、少言懒言、心情低落等症状，建议去正规的医疗机构进行检查，医生会针对其甲状腺机能下降的程度，给予适当的治疗，同时给予甲状腺激素，使其恢复到正常状态，不会对工作、学习、日常生活造成任何的干扰。
新生儿出生后一般都需要在出生三天左右进行足跟血的采集，就是甲状腺功能低下的筛查。因为甲状腺功能低下有可能会对孩子的智力发育，体格的增长产生非常大的影响。
很多孩子进行检查，会发现有甲状腺功能低下症状，或者有促甲状腺激素水平升高或者偏低的情况。如果出现有数值的异常，考虑进行复查。很多孩子在进行复查以后都会有明显的改善，而且很多孩子是可以达到正常范围的。一般并不需要特别的治疗。如果复查之后仍然存在甲状腺功能异常，可以考虑应用相关的药物进行治疗。
