卵巢囊肿要看其大小，是否带蒂，如果囊肿较大，可以导致周围组织压迫症状，如果发生蒂扭转，可能导致急腹症的，要及时手术处理的。如果囊肿很小，经过动态复查生长不快，可以继续观察看看的，暂时不用处理。
月经期间卵巢囊肿的治疗方式取决于患者年龄，是否恶性，囊肿的部位，体积，大小，生长速度，是否保留生育功能以及患者的主观愿望等因素而定。
患者可以在月经结束后采用手术的方式进行治疗，临床上手术主要有卵巢囊肿切除术，年轻患者尤其是绝经前患者多采用此种术式，而尽可能保留正常的卵巢组织。另一种是输卵管卵巢切除术，年龄较大（45岁以上）或绝经后患者，可行行一侧或双侧输卵管卵巢切除术。
子宫颈囊肿通常不会导致痛经。宫颈囊肿是由慢性宫颈炎症导致宫颈局部腺管阻塞，从而形成的囊肿。宫颈属于植物神经支配，没有痛觉。痛经主要是子宫内膜剥脱过程中大量产生前列腺素，导致子宫平滑肌收缩，从而有下腹疼痛的症状。月经期盆腔慢性炎症会充血，加重水肿状态导致痛经。来月经时子宫内膜异位症也会导致出血，造成下腹疼痛。子宫畸形发育也会导致痛经。痛经跟子宫颈囊肿并无关系。
巧克力囊肿是会引起小腹疼痛的。巧克力囊肿在月经期的时候会出现下腹疼痛的，月经过后疼痛消失。并且如果是在非月经期，当囊肿发生了扭转或者是破裂，那么也会出现小腹疼痛的现象发生。巧克力囊肿的形成，主要是由于子宫内膜异位到卵巢处，并且由于里面的液体呈咖啡色的，所以又称为巧克力囊肿，这种囊肿一般是双侧的较多。
腹腔囊肿是腹腔脏器或组织病变，产生渗出液被完整包膜包裹而形成。是良性病变，主要可能对周围组织产生压迫症状，如果囊肿不是很大，一般没有临床症状，且生长速度较慢，一般不超过5cm，无需处理，可定期复查超声，如果囊肿大于5cm或对周围组织、器官产生压迫症状，应考虑手术切除。所以腹腔囊肿不是很严重，不必过分担心。
治疗卵巢囊肿的药物大部分都是活血化瘀的中成药，是不能月经期服用的，因为服用有可能会导致月经期延长，月经量增多出现月经不调的。月经干净后的三到五天按疗程规律用药治疗。
