乳腺癌ER、PR、HER2均为阴性，则其治疗效果相对较差。然而HER2阳性的恶性程度虽然较高，因其可用药物治疗，所以HER2阳性并不能代表乳腺癌预后较差。无法判断到底是乳腺癌免疫组化阴性较好还是阳性较好。
对于免疫组化的结果，首先是雌激素受体ER、孕激素受体PR。如果这两个都是阳性的提示，可能能够采用内分泌治疗的药物，也就是采用内分泌治疗有效。其次就是Her-2，人表皮生长因子受体-2，如果是阴性不能用靶向药物。再次如果是阳性，还需要进一步做FISH基因检测，若表达比较多也就是过度扩增才能够选择靶向药物治疗。
首先是雌激素受体ER、孕激素受体PR。如果这两个都是阳性的提示，可能能够采用内分泌治疗的药物，也就是采用内分泌治疗有效。其次就是Her-2，人表皮生长因子受体-2，如果是阴性不能用靶向药物，如果是阳性，还需要进一步做FISH基因检测。
乳腺癌免疫组化报告主要看四个指标，雌激素受体，孕激素受体，表皮生长因子受体，增殖细胞抗原。ER、PR阳性的病人适合内分泌治疗，HER2阳性的病人适合靶向药物治疗，Ki67的分界线为14，若超过则视为化疗指征。
乳腺癌常规病理检查是石蜡切片病理检查，免疫组化是乳腺癌病理检查的特殊一种类型。通过进行免疫组化检查，可以了解乳腺癌的分子表达情况，从而对乳腺癌进行分子分型，用于指导临床治疗以及进行预后评估、判断。乳腺癌免疫组化需要对雌激素受体、孕激素受体、人类表皮生长因子-2受体及ki-67等多种分子的表达进行检测。
乳腺癌患者术后的免疫组化分型包括雌激素受体、孕激素受体、her2受体，阳性的结果要好于阴性。因为阴性的病人在术后1-2年的时间段之内，很容易出现局部的复发或者远处的转移。