对于严重与否，主要是看其体积大小而定，如果其囊肿比较小，对其附属于器官没有造成影响，如果疼痛，或是功能障碍，可以不用治疗，注意观察即可。如果囊肿体积比较大，有症状表现，如局部疼痛，功能障碍等，则需要进行手术治疗，对内脏部位的囊肿可以选用微创手术治疗，其手术对身体影响小，其治疗效果比较好。
囊肿不能挤压的，很容易刺激囊肿增长，或者是疼痛，囊肿是良性肿瘤，可能会出现在皮肤表面，身体如果有囊肿出现，平时不能吃含激素多的食物，注意观察是否有持续增长，有明显症状，需要手术切除治疗。
较小的囊肿不适症状暂时不用治疗，较大的囊肿需要尽早手术，平时注意不要刺激囊肿部位，以免引起感染。囊肿是局部组织出现囊样变化，是与炎症，先天性发育，外伤，自身体质等多因素有关系，囊肿可以长在身体各个部位。
囊肿最常见为肝囊肿、肾囊肿、皮脂腺囊肿或腱鞘囊肿。肝囊肿是肝脏比较常见的良性疾病，囊肿大多数为良性疾病。如果胰腺上有小囊肿就需要注意，其是否有恶性的可能性。
小孩生殖器囊肿通常是皮口或尿道外口。
包皮口囊肿在包皮交界处，治疗以手术切除为主，若包皮囊肿较大，建议进行包皮环切。若囊肿在尿道外口，建议进行囊肿剪开或剥离，创面要垫住缝合。囊肿具体病因不明，是一种良性病变，切除后没有不良的反应，术后要留置尿管预防，预防切口感染，感染会难以愈合，容易形成瘢痕。也可以选择注射治疗，生殖器部位不建议用注射治疗，防止不良反应。通常囊肿不会很大，早期可以观察，多数预后良好。
卵巢囊肿手术治疗的方法，由自身综合情况来选择的。如果，年龄比较大，没有生育要求了，可以选择同时切除卵巢，这是指卵巢上是良性的肿瘤，如果卵巢上的肿瘤是恶性的，那就是必须要切除卵巢了。
