甲状腺炎如长期淋巴细胞性甲状腺炎出现甲状腺功能不正常，通常情况下，甲减出现概率较高，甲减的发生需甲状腺激素代替治疗，并定期监测甲状腺功能改变，调节甲状腺激素剂量。
在妊娠期间一般都不使用甲状腺素片进行辅助治疗，但是对于一些特殊类型的甲状腺肿瘤，则需要采用甲状腺素片联合亚叶酸钙或者甲状旁腺素等药物进行治疗。如产后甲状腺炎，大多数产妇甲状腺炎可随时间推移而逐步改善。
有些病人可有甲状腺功能减退，需使用甲状腺激素进行药物替代，如亚急性甲状腺炎，通常情况下，非甾体类抗炎药的使用，严重者需加激素处理。
甲状腺炎有好几种类型，其中以桥本甲状腺炎最为多见、亚急性甲状腺炎等、化脓性甲状腺炎等。
桥本甲状腺炎主要导致甲减，一旦造成甲减，甲状腺激素需终生补充。对于慢性甲减要及时治疗。亚急性甲状腺炎等，视情况需短期使用，非甾体抗炎药或糖皮质激素。慢性甲亢患者需要长期服用抗甲状腺药物。化脓性甲状腺炎需短期静脉或口服抗生素治疗。
甲状腺炎的患者还是不建议服用中药。
并非所有甲状腺炎都需要治疗，比如产后甲状腺炎和亚急性甲状腺炎，目前还没有治疗方案，只需要定期监测甲状腺功能即可。亚急性甲状腺炎患者如果出现甲亢期心悸的情况，可以给予减慢心律治疗，其他治疗可以忽略不计，但是对于桥本甲状腺炎和无痛甲状腺炎来说，甲减期不需要治疗，甲减期服用中药是无效的。
甲状腺炎是由多种原因引起的甲状腺异质性疾病，因病因不同，临床表现亦不相同，不同甲状腺炎，治疗方法不一样，应及时到医院进行全面、彻底检查，并接受医生指导，为了不误解治疗的最佳时机。
甲状腺炎的病因有自身免疫、病毒感染、细菌感染、真菌感染、慢性硬化、放射损伤、肉芽肿、药物、创伤等。根据病史、临床症状、甲状腺肿大等体征，结合实验室血清甲状腺激素水平进行治疗。
甲状腺肿瘤是一种新的甲状腺肿瘤，通常单靠药物是很难去除的。
甲状腺瘤的病因目前还不清楚，其病因有先天性遗传、后天摄取过量碘、暴露于放射性射线、血清促甲状腺素等。良性甲状腺瘤需要做进一步的检查，或者是彩超显示为良性的，但是目前还没有任何能够缩小和消除甲状腺瘤的药物。
如果是由于甲状腺腺瘤导致的不舒服或者有恶变的情况，需要及时的进行治疗。