甲状腺炎如长期淋巴细胞性甲状腺炎出现甲状腺功能不正常，通常情况下，甲减出现概率较高，甲减的发生需甲状腺激素代替治疗，并定期监测甲状腺功能改变，调节甲状腺激素剂量。
在妊娠期间一般都不使用甲状腺素片进行辅助治疗，但是对于一些特殊类型的甲状腺肿瘤，则需要采用甲状腺素片联合亚叶酸钙或者甲状旁腺素等药物进行治疗。如产后甲状腺炎，大多数产妇甲状腺炎可随时间推移而逐步改善。
有些病人可有甲状腺功能减退，需使用甲状腺激素进行药物替代，如亚急性甲状腺炎，通常情况下，非甾体类抗炎药的使用，严重者需加激素处理。
急性甲状腺炎指的是急性化脓性甲状腺炎。急性化脓性甲状腺炎又称感染性甲状腺炎，是一种相对罕见的甲状腺疾病，以发热、甲状腺肿痛为基本特征。如果是急性期，可能需要激素治疗，这是一个过程，需要及时就医。急性期一般会出现发热症状。如果出现肿痛等症状，建议及时就医。待穿刺物病原体培养结果出来后进一步调整抗生素。
一般情况下，慢性甲状腺炎可以在医生指导下吃左甲状腺素、泼尼龙等药，具体内容如下：
慢性甲状腺炎通常指桥本甲状腺炎，这是一种自身免疫性的甲状腺疾病。甲状腺肿或无甲减者通常无需进行手术。有甲减、甲状腺肿的压制，可以选择用左甲状腺素代替，如果有明显的疼痛和压迫感，可以选择应用糖皮质激素，比如：泼尼龙，有助于病情改善。
在甲状腺肿瘤的药物治疗上，通常是在做完外科手术之后，用激素代替来补充甲状腺激素。
如果是一侧的甲状腺肿瘤，或是比较小型的，只需做一个副全或局部的手术即可。甲状腺肿瘤的病人并没有相应的甲状腺激素分泌功能方面的问题，因此，在术后可以不用任何的药物来进行治疗。而单纯依靠药物来治愈甲状腺肿瘤并不能达到根除甲状腺瘤的效果。通常甲状腺肿瘤伴有甲亢，或其他炎症的甲状腺的病变，也可能是甲状腺激素增高所致的甲状腺肿块，可以服用甲状腺激素、某些抑制的甲状腺激素等药物进行辅助。因此对于甲状腺肿瘤来说，最好的方法就是外科，而药物只能起到一定的辅助作用。
如急性感染性急性甲状腺炎等，此时要给足疗程抗生素，才能取得较好的治疗效果。
对于慢性化脓性炎症以及非细菌性疾病，比如现在的肺结核和肺癌都要进行相应的抗菌治疗，这样才能让患者的病情得到有效地控制。
此外，若是一些其他急性感染，如此时对症治疗，可服用少量抗炎退热、退热止痛等药物。如果是慢性的甲减以及甲旁亢等都应该进行相应的抗病毒药物的治疗。如产后甲减炎或无痛性甲状腺炎，以甲亢所致临床表现为主，有时需给予贝塔受体阻滞剂以减轻临床表现，但通常无须使用抗甲状腺药物，处理以免永久性损伤甲功。
