甲状腺炎如长期淋巴细胞性甲状腺炎出现甲状腺功能不正常，通常情况下，甲减出现概率较高，甲减的发生需甲状腺激素代替治疗，并定期监测甲状腺功能改变，调节甲状腺激素剂量。
在妊娠期间一般都不使用甲状腺素片进行辅助治疗，但是对于一些特殊类型的甲状腺肿瘤，则需要采用甲状腺素片联合亚叶酸钙或者甲状旁腺素等药物进行治疗。如产后甲状腺炎，大多数产妇甲状腺炎可随时间推移而逐步改善。
有些病人可有甲状腺功能减退，需使用甲状腺激素进行药物替代，如亚急性甲状腺炎，通常情况下，非甾体类抗炎药的使用，严重者需加激素处理。
甲状腺炎的治疗要看是何种甲状腺炎，甲状腺炎是一大类疾病的总称，根据发病的时间长短，可以分为急性化脓性甲状腺炎，这时候可以选择抗菌药物，具体应用何种药物，要看患者的情况。
亚急性甲状腺炎是不需要根据病情来进行治疗的。当出现颈部疼痛症状时，可以使用非甾体类抗炎药，也可以选择桥本甲状腺炎等慢性甲状腺炎，在不影响甲状腺功能的情况下，不需要进行治疗，但对甲状腺的功能会造成一定的影响，比如甲减，就需要进行激素的治疗。
在甲状腺肿瘤的药物治疗上，通常是在做完外科手术之后，用激素代替来补充甲状腺激素。
如果是一侧的甲状腺肿瘤，或是比较小型的，只需做一个副全或局部的手术即可。甲状腺肿瘤的病人并没有相应的甲状腺激素分泌功能方面的问题，因此，在术后可以不用任何的药物来进行治疗。而单纯依靠药物来治愈甲状腺肿瘤并不能达到根除甲状腺瘤的效果。通常甲状腺肿瘤伴有甲亢，或其他炎症的甲状腺的病变，也可能是甲状腺激素增高所致的甲状腺肿块，可以服用甲状腺激素、某些抑制的甲状腺激素等药物进行辅助。因此对于甲状腺肿瘤来说，最好的方法就是外科，而药物只能起到一定的辅助作用。
治疗甲状腺炎通常应对症用药。
不同的甲状腺炎症需要用到不同的药物，比如亚急性甲状腺炎，属于自限性疾病，主要表现为甲状腺疼痛、肿大、发热。急性甲状腺炎常用的消炎止痛药物有糖皮质激素和非甾体类消炎止疼药物，如吲哚美辛片、醋酸泼尼松片等。细菌感染与急性化脓性甲状腺炎有一定的关系。建议患者先到正规医院做详细检查，确定病因，对症治疗，不可盲目用药，以免耽误病情。
急性甲状腺炎分为两种，一种是轻度的急性甲状腺炎，另一种是重度的急性甲状腺炎。急性甲状腺炎常用的是阿司匹林等解热止痛药，而重度的急性甲状腺炎可以口服抗生素。
1.轻度的急性甲状腺炎：初期的症状很快，会出现高烧、畏寒、乏力、食欲不振等症状，主要表现为甲状腺疼痛，可以口服一些解热止痛药物，比如阿斯匹灵。
2.重度甲状腺炎：高热、出汗、咽痛、吞咽困难、全身不舒服、甲状腺局部肿胀、疼痛、局部肌肤发红、发热等。
亚急性甲状腺炎的病人一般都会服用一些非甾体抗炎的药物，如果病情比较严重，可以通过口服糖皮质激素来进行抗炎治疗。亚急性甲状腺炎并不是一种常见的细菌感染，而是一种病毒引起的炎症。亚急性甲亢病人一般都有上呼吸道感染的历史，直到有病史。亚急性甲状腺炎是一种典型的临床表现，病人会感觉到局部的疼痛，晚上或者晚上会有体温上升。一些病人可能会出现高热，或者是长时间的松弛，病人无法承受。还有一些病人会出现辐射疼痛、耳后疼痛、牙齿疼痛等，可以通过甲状腺细胞穿刺血液检查发现多核巨噬细胞。
