治疗甲状腺炎通常应对症用药。
不同的甲状腺炎症需要用到不同的药物，比如亚急性甲状腺炎，属于自限性疾病，主要表现为甲状腺疼痛、肿大、发热。急性甲状腺炎常用的消炎止痛药物有糖皮质激素和非甾体类消炎止疼药物，如吲哚美辛片、醋酸泼尼松片等。细菌感染与急性化脓性甲状腺炎有一定的关系。建议患者先到正规医院做详细检查，确定病因，对症治疗，不可盲目用药，以免耽误病情。
在甲状腺肿瘤的药物治疗上，通常是在做完外科手术之后，用激素代替来补充甲状腺激素。
如果是一侧的甲状腺肿瘤，或是比较小型的，只需做一个副全或局部的手术即可。甲状腺肿瘤的病人并没有相应的甲状腺激素分泌功能方面的问题，因此，在术后可以不用任何的药物来进行治疗。而单纯依靠药物来治愈甲状腺肿瘤并不能达到根除甲状腺瘤的效果。通常甲状腺肿瘤伴有甲亢，或其他炎症的甲状腺的病变，也可能是甲状腺激素增高所致的甲状腺肿块，可以服用甲状腺激素、某些抑制的甲状腺激素等药物进行辅助。因此对于甲状腺肿瘤来说，最好的方法就是外科，而药物只能起到一定的辅助作用。
在临床上，目前还没有药物能够治疗甲状腺瘤。
因此，如果是甲状腺肿瘤，建议做手术。甲状腺瘤是甲状腺良性疾病中最常见的一种，根据其形态学特点，可以分为滤泡状甲状腺瘤和乳头状甲状腺瘤，其中以滤泡状甲状腺瘤最为常见，年龄在40岁以内。此外，甲状腺瘤患者一般会出现颈部的圆形或椭圆形肿块，多为单发，质地较硬，表面平滑，不存在压痛，同时还会出现吞咽困难、声音嘶哑、呼吸困难等症状，此时要引起高度的警惕，因为甲状腺瘤有可能导致甲亢和恶变，因此，在早期确诊后，要尽早进行外科治疗，切除的标本要做病理检查，确定是否存在恶性变化，以便保证患者的身体健康。
治疗甲状腺疾病的药物有以下几种：
1.治疗甲亢的药物。即抗甲状腺药物，可分为咪唑类或硫脲类，常用药物为甲泼尼龙和丙硫氧嘧啶以及控制甲状腺功能亢进症状的药物，如普萘洛尔。
2.治疗甲减药物。有左甲状腺激素钠片等，具体可询问医师。
3.治疗亚急性甲状腺炎的药物。比如解热镇痛抗炎药和糖皮质激素，如塞来昔布、醋酸泼尼松等。
甲状腺炎如长期淋巴细胞性甲状腺炎出现甲状腺功能不正常，通常情况下，甲减出现概率较高，甲减的发生需甲状腺激素代替治疗，并定期监测甲状腺功能改变，调节甲状腺激素剂量。
在妊娠期间一般都不使用甲状腺素片进行辅助治疗，但是对于一些特殊类型的甲状腺肿瘤，则需要采用甲状腺素片联合亚叶酸钙或者甲状旁腺素等药物进行治疗。如产后甲状腺炎，大多数产妇甲状腺炎可随时间推移而逐步改善。
有些病人可有甲状腺功能减退，需使用甲状腺激素进行药物替代，如亚急性甲状腺炎，通常情况下，非甾体类抗炎药的使用，严重者需加激素处理。
甲状腺功能亢进症的首选药物是丙硫氧嘧啶。
这是因为丙硫嘧啶比甲巯咪唑见效快，丙硫嘧啶不仅能抑制甲状腺激素的合成，还能抑制周围组织从T4向T3的转化，更快缓解甲状腺毒症。甲亢危象是内分泌非常严重的病症，易导致心力衰竭、休克，危及患者生命安全，发生甲亢危象需积极给予丙硫氧嘧啶治疗。除丙硫嘧啶外，给予受体阻滞剂和糖皮质激素治疗，尽快缓解甲状腺功能亢进症的发病。