抗癫痫药物的副作用有胃肠道的不适，如恶心、呕吐，可出现头晕、头疼、嗜睡、视物双影、肢体活动的共济失调。抗癫药物的副作用还可以表现为血细胞的异常，如白细胞减少或血小板减少；还可以引起肝功能的损伤。
大多数的抗癫痫药不良反应都是过性和可逆的，如恶心、呕吐、头痛等主要出现于用药早期，或者出现于用量较大时，对于这些病例只要采用小剂量起始，逐渐加量至目标剂，或者逐渐减慢加量过程，或才随着时间的推移或剂量的稳定，症状会逐渐减轻以至消失。
减少抗癫痫药物的副作用可采取单药治疗，单药疗法可避免药物间相互作用，提高依从性，增高耐受性，便于测量血清药物浓度和成本疗效。采用适当起始剂量，缓慢加量的方法进行治疗而不是多药疗法，并应从小剂量开始，逐步加量，直至产生临床疗效。
长期服用抗癫痫药物就会引起后遗症，常见的症状有嗜睡，头晕，呕吐，厌食等，若长期反复发作，最终可能会导致智力下降、丧失自理能力。平时生活中要注意多休息，注意保暖，避免着凉感冒。
小儿抗癫痫药后观察要注意症病期禁止突然停止服药，突然停药会导致癫痫再次发作甚至连续发作。此时建议及时就医，将孩子送到正规医院诊断治疗，癫痫在平时没有发作的时候，要根据医生指导循序渐进地减少用量，不能擅自停止服药，治疗期间家长要将发病情形、发作时间、发作次数记录下来，方便医生根据病情调整药物的种类及用量。
癫痫最主要的内科治疗是应用抗癫痫药控制癫痫发作。目前尚无对所有发作类型皆有效和能完全控制发作的抗癫痫药物。抗癫痫药只有控制发作的对症治疗效应，无消除病因和癫痫发生源的效应，故需长期应用。正规应用抗癫痫药才能提高疗效和减少不良反应。