甲状腺囊肿的危害主要与囊肿的大小有关，小的囊肿并不会造成危害，但是囊肿比较大的时候可能会引起颈部不适，甚至压迫气管和食道，出现吞咽困难、呼吸困难等症状，所以甲状腺囊肿的主要危害在于压迫症状，同时也有可能继发感染破裂或癌变。所以甲状腺囊肿的危害比较大，小囊肿定期检查不会有太大的问题，如果囊肿比较大，可以做甲状腺手术、硬化或者射频消融等治疗。
一般来说，甲状腺囊肿能治好。
甲状腺囊肿是指在甲状腺中发现含有液体的囊状物。一般情况下，甲状腺囊肿属于良性病变，通常能治好。如果囊肿肿大不影响到颈部外观，或者压迫其他的器官和喉返神经，观察即可；如果特别大，影响美观，或造成身体不适，可以进行囊肿摘除术。
患者在日常生活中应当加强身体锻炼，注意保暖，饮食清淡，不吃刺激性食物多，吃富含钙质的食物，不要吃刺激和油腻的食物。
甲状腺囊肿属于良性疾病，当囊肿较小时，对人体的身体健康没有影响，一般不需要特殊治疗，定期进行甲状腺彩超，甲状腺功能检查等随访。如果囊肿持续增大，出现压迫症状，或者疑有癌变，应择期慎重考虑手术治疗，术后长期以甲状腺激素替代。
首先，甲状腺小囊肿不会自愈的，如果没有什么症状的，或是其囊肿比较小，可以不用治疗，可以先观察一下，若有什么病变，是可以通过一些药物来进行对病情，进行一些改善的。
较大的囊肿有可能出现压迫的症状，比如说压迫气管，可以出现呼吸困难，如果压迫食管可以造成吞咽困难，如果压迫到喉返神经，可以造成声音嘶哑，压迫喉上神经，可以引起饮水呛咳，部分甲状腺胶质囊肿如果出现了癌变，还会侵犯颈丛，引起剧烈的疼痛，并出现淋巴结的转移。
甲状腺囊肿与甲状腺肿瘤是不同的。
甲状腺囊肿是一种特别的疾病，一般分为两种，甲状腺囊肿弥慢性和甲状腺囊肿间隔性。扩散型主要表现在青少年时期的滤泡，其分布在整个甲状腺的各个部位，而结节处则是膨胀的滤泡可能会变成不同的结节。甲状腺囊肿主要通过b超检查，可以看到多个结节的甲状腺肿块，一段时间后，会因为血液流通导致结节内部出现退行性变化，从而导致囊肿的出现。甲状腺癌属于良性的甲状腺癌，一般是单一的，进展很慢，患者也不会感觉到不适。肿瘤有可能发生癌变，因此患者确诊后要尽早做手术。结节型甲状腺囊肿一般不需要外科手术，如果大的结节甲状腺囊肿，也可能发生恶性病变，患者有甲状腺不适时应立即前往医院进行详细检查，及时治疗。