扁平疣治疗上可以用物理疗法或药物疗法、中医中药疗法等。物理治疗主要选用液氮冷冻和激光治疗、疣组织包埋疗法。中医中药疗法有耳后放血法、火针法、穴位注射法等。药物治疗可以服用增强免疫的药物，因为扁平疣多发生于免疫力低下人群，免疫力增强后，有自身清除病毒的可能，扁平疣是有自愈性的。
扁平疣好了留下的色素绝大多数时间长了就会慢慢地变淡变消失，如果3-6个月以后还没有消失的话，可以用一些效果好的药物来涂抹，并轻轻地进行按摩，也可以起到淡化色素斑的作用。
扁平疣去除一般可以进行皮损内注射或系统药物治疗等。
1、皮损内注射：平阳霉素用1%普鲁卡因稀释于疣体根部注射。维生素D3皮损内注射，对于多发性扁平疣具有一定的疗效。
2、系统药物治疗：在经过医生诊断后，在医生指导下可使用免疫调节剂，如干扰素等。
一般情况下，如果患有扁平疣，可以在医生的指导下使用药物进行治疗，还可以使用物理治疗的方法改善相关情况。
扁平疣是一种具有传染性的疾病，是由病毒感染引起的，在日常生活中不要搔抓刺激，可以遵医嘱用重组人干扰素α2b软膏、氟尿嘧啶软膏、五妙水仙膏等进行药物治疗，也可以采用中药的方法进行。此外，还需要通过局部治疗的方法来缓解相关症状，主要包括激光、液氮冷冻等。
一般来说，眼角的扁平疣可以用激光去除。
眼角的扁平疣是可以通过激光去除的。如果是扁平疣，可以使用干扰素凝胶、维A酸乳膏、氟尿嘧啶软膏等，要避免药物进入眼睛。也可以用激光进行2-3次。扁平疣是一种具有传染性的疾病，需要进行自我预防，平时要把自己的卫生用品和别人隔离起来，避免出现交叉感染，在治疗之前尽量避免化妆，以免感染其他地方导致扁平疣增加。平时要避免食用辛辣刺激性的食物，平时要多吃一些清淡的食物。
