治疗包皮水肿需明确水肿原因后，对症病因进行治疗。如果发生包皮感染而出现水肿，这时需口服或静脉输注抗感染药物进行治疗。因手术外伤源性导致术后水肿或伤后水肿，则多为局部血液循环不畅引起的淤滞性水肿。此时需适度给予加压包扎，促进水肿吸收减轻水肿。
术后的包皮水肿是包皮手术的正常现象，是由于手术切割包皮后，破坏了原来包皮的血液循环，在新的血液循环建立起来之前，可能会出现水肿和疼痛的情况，平时要注意局部的清洁，然后及时换药。
所以对于治疗，主要是根据病因。如果是炎症引起的水肿，要积极的应用抗生素抗炎治疗。如果是损伤引起的水肿，经过休息可逐渐恢复。包皮嵌顿引起的水肿需要手术治疗，如果是包皮手术导致的水肿，一般会自行消失。导致包皮水肿的原因很多，常见的原因有生殖器不卫生导致的包皮龟头的炎症，过于粗暴的手淫，包皮的嵌顿，还有可能是包皮手术引起的水肿。
割完包皮水肿通常要一周到三周左右才能好，具体分析如下：
1.如果是儿童由于阴茎血管较细，充血缓慢，不易勃起，一周后可自行吸收。
2.如果是青少年比较活跃，血管比较粗，有一定的性冲动，所以水肿的吸收比较缓慢，大概需要10天。
3.成年人由于性欲，血液循环旺盛，导致勃起充血，会导致水肿，一般要两个星期才能完全恢复。
此外，常规手术后水肿的恢复时间也要比上述三种方法的基础上再延长5-7天。
割包皮水肿可以卧床休息，卧床休息减轻了阴茎的下垂，避免并减轻阴茎包皮的水肿。还可以适当的加压包扎也可以明显减轻术后的水肿，另外活动时，可以使阴茎朝上包扎，避免下垂，也可明显减轻包皮术后的水肿。