先天性甲状腺功能低下的常见原因有：
1、甲状腺不发达或发育不全。
2、细胞因子合成途径缺乏酶；
3、甲状腺激素缺乏；
4、甲状腺激素靶器官反应降低。产后新生儿期一般行足跟血筛查，可早期发现，需尽快口服细胞因子片。先天性甲状腺功能减退症同时存在甲状腺发育异常，除需终身服药外，其他类型多可在正规治疗2-3年后定期观察停药，最主要临床症状为早期哭声弱、哺乳困难、便秘、黄疸消失等症状。
一般来说，先天性甲状腺功能低下症的原因有孕妇孕期饮食缺碘、宝宝甲状腺发育不全、母亲服用了抗甲状腺的药物、母亲本身有自身免疫性疾病。具体分析如下：
1、先天性甲状腺功能低下症的原因有孕妇孕期饮食缺碘，进而可能会导致胎儿在胚胎期就因为碘缺乏。
2、先天性甲状腺功能低下症的原因有宝宝甲状腺发育不全，进而可能会导致胎儿在胚胎期就因为碘缺乏。
3、先天性甲状腺功能低下症的原因有母亲服用了抗甲状腺的药物；进而可能会导致胎儿在胚胎期就因为碘缺乏。
4、先天性甲状腺功能低下症的原因有母亲本身有自身免疫性疾病，影响了宝宝的甲状腺功能。进而可能会导致胎儿在胚胎期就因为碘缺乏。
先天性甲状腺功能减退主要是由于患儿甲状腺先天性缺陷，或母体孕期饮食中碘缺乏所致。
这种病是小儿常见的内分泌疾病，主要临床表现为体格和智力发育障碍。先天性甲低的主要原因是甲状腺不发达或发育不全，也有甲状腺激素合成途径中的酶缺陷，由促甲状腺激素缺陷和甲状腺、靶器官反应减退者引起的比较少见。实验室检查主要表现为T3、T4水平下降，TSH水平上升，治疗主要以左甲状腺激素片替代治疗，早期开始治疗，预后较好。
患有先天性甲状腺功能减低症，是由于先天性的不同疾病累及下丘脑―垂体―甲状腺轴功能，以致甲状腺缺乏；或是由于甲状腺受体缺陷造成的临床综合症，以往称为呆小病或克汀病。
先天性甲状腺功能低下症状通常是进食少、喂养困难、便秘等。
先天性甲状腺功能低是由先天性因素造成的甲状腺功能异常，大概超过95%的婴儿在出生时并没有明显的征兆。但是，部分婴儿发病后会有动作比较迟钝、容易打瞌睡的表现，需要叫醒以喂养婴儿，婴儿还可能会发出沙哑的叫声。此外，婴儿多有食欲不佳、吃得少、喂食困难、便秘、体温较低等表现，可能出现体长偏短、皮肤干燥、舌头大、脐疝、囟门大、面部浮肿等症状。
先天性甲状腺功能低下又称先天性甲减或CH，是一种儿童时期的常见智残性疾病。前期往往不明显，如一旦发病，这是一种不可逆转的伤害，也叫呆小症，这种病一旦被人发现较晚，对于孩子的智力发育有极大的作用。在诊断甲状腺结节之前，应该先明确疾病性质和范围，再根据不同情况选择相应的方式进行处理。先天性甲减可使儿童身材矮小、智力低，医学普遍认为，如两个月后发现、早期治疗、终生用药，智力基本没有受到损害。若在10个月份被发现，此时处理，智商仅能达到80%的正常值。有很多人都有过类似的经历，就是孩子出生后，父母并无任何异常感觉或反应，但是随着年龄增长，这种现象逐渐加重，直到最后完全丧失生活自理能力为止。若是在两岁时被发现智力落后，它是一种不可逆转的破坏，此时处理亦无显著疗效。
