甲亢的治疗主要有三种方法，抗甲状腺药物、同位素碘131治疗和手术治疗。这三种治疗方法各有其优缺点，应该根据甲亢的病因年龄、甲状腺的大小、甲亢复发史、有无妊娠、有无突眼、有无甲亢性心脏病、对治疗的态度医疗条件等因素综合分析，加以选用。
胃肠型常以腹泻为突出症状大便1天数次甚至数十次水样腹泻。无脓血便，常误诊为肠炎，慢性结肠炎。有部分甲亢病人以腹痛为主要症状，呈弥漫性或局限性腹痛，可类似胆绞痛、肾绞痛、溃疡病，胰腺炎，阑尾炎，往往诊断为急腹症而收体外科治疗。
治疗甲亢首先可以服用抗甲状腺药物治疗，据甲功结果调整药物剂量。也可以做放射性碘131治疗，术后需要甲状腺激素补充治疗。对于甲状腺明显肿大，出现压迫症状，中重度甲亢长期服药无效，停药复发或不能坚持服药者，手术治疗是首选。
甲亢碘131治疗的方法是，放射性碘131，进入人体以后，蓄积在甲状腺内，碘13.1在衰变的过程中，释放出β射线该射线在甲状腺内，射程只有2mm，释放的能量可以破坏功能亢进的甲状腺组织，使肿大的甲状腺缩小。碘131，治疗甲亢是不用流血的手术。
甲亢是可以通过药物来进行治疗的，定期去复查，生活有规律，保持良好情绪，避免平时压力过大的。在饮食上要注意清淡，避免辛辣刺激性的食物，以及含碘的食物，比如碘盐，海产品等。
如果是浸润性突眼，治疗上首先要枕高枕头，也就是要高枕卧位，并限制钠盐的摄入，使用利尿剂可以减轻眼部的水肿，在阳光明媚的日子，可以戴有色眼镜来保护眼睛。如果是单纯性突眼，不需要特殊治疗，突眼会随着甲状腺功能的好转自行治好。
