用碘131治疗甲亢的副作用一般可分为早期毒性反应和晚期并发症两种。早期毒性反应是指在两周内出现的反应，晚期并发症是指在两周后出现的并发症，常见的是消化系统的反应，如厌食、恶心、呕吐等，此外，尚有乏力、头晕，少数病人有皮肤搔痒及皮疹等，经对症处理和休息后可以消失。
一般来说，对于甲状腺功能亢进的药物，其不良反应主要有三种：
第一种情况，就是服用了药后会有皮疹，这属于一种过敏性的症状，一般会在全身和身体的不同地方都会有皮疹。
第二种是肝功异常，转氨酶增高是甲亢病人的主要症状，肝功异常、转氨酶增高等都很常见。
第三是由于服用了甲亢药物，导致白细胞减少，白细胞的总量减少后，嗜酸性粒细胞的绝对数值也会减少。
一般情况下，甲亢的同位素碘治疗就是碘131治疗，管用。
当服用碘131后，甲状腺细胞就会摄取碘131，碘131释放的射线就会破坏甲状腺细胞，甲状腺破坏后，分泌甲状腺素的能力就会大大下降，从而起到治疗作用。因为身体组织中只有甲状腺细胞能够摄取碘，而碘131属于放射性同位素。绝大多数甲亢患者只需一次碘131治疗就可以治愈。
所以对于抗甲亢药物不能治愈或对甲亢药物不耐受的患者，碘131治疗是非常有效的治疗甲亢的手段。
放射性碘治疗甲亢，效果比较好，具体内容分析如下：
放射性碘治疗甲亢一般需要3-6个月才能见效，特点是见效快，而且效果比较好。但可能会导致甲减，甚至是终身的甲减，需要终身服用优甲乐等药物。根据统计结果，放射性碘治疗甲亢的5年内，终身甲减患者可达60%以上，而且放射性碘治疗甲亢对生育有一定影响。所以放射性碘治疗甲亢是建立在药物治疗无效的基础上，不孕或不想生育的患者可以考虑采取放射性碘治疗的方式来治疗甲亢。
碘131放射线治疗甲状腺功能亢进是会造成甲状腺细胞不可逆的损害，用量大，会造成甲状腺功能减退，终身用药补充。用碘131治疗甲亢后对人体的生育能力有一定的影响，会出现不孕症、流产率、畸胎和遗传异常等情况较高发于一般人群。
治疗之后可能出现放射性甲状腺炎，患者通常表现为甲状腺部位疼痛，也有可能会有体温升高，进一步疼痛加重等。永久性甲状腺功能减退，射线进入体内以后，随着时间延长会有效果递增作用，也就是时间越长，发生甲状腺功能减退症的概率就会越大。
