一般来说，停经40天b超看不到孕囊的主要原因是以下这些：
1、月经不正常、受孕晚，有的女人月经不规律，一般要40多天才来一次，这个时候，即使检测出来了，受孕的时间也比较晚，在子宫里见到孕囊的时间也比较晚。
2、可能是因为子宫外孕，也可能是因为妇科的炎症，比如输卵管炎。B超检查没有发现孕囊，有阴道出血、腹痛等症状患者应该尽早前往医院，在专业医生的指导下进行治疗。
手术治疗包括剖腹手术和腹腔镜手术两种。剖腹手术：此种方法的治疗机理是：给病人开腹后，切开其妊娠处的输卵管管壁，取出胚胎后再修复输卵管管壁，从而可达到既去除病灶，又保留输卵管的目的。腹腔镜手术：腹腔镜手术是一种微创手术，具有创伤小、术后恢复快、手术并发症少的优点，采用此种方法不必开腹，只需在病人的脐轮处及下腹部穿刺3～4个小孔即可完成手术。术后的腹壁上只留下几个圆形小疤痕，不影响美观。
B超看不到孕囊，可能是宫外孕，也可能是没怀孕。
B超看不到孕囊可能是因为妊娠的时间比较少，或是出现宫外孕，也可能是没怀孕导致的。患者需要去医院做hcg检测，发现有绒毛膜性腺激素翻番增长，可能是怀孕了或是宫外孕。妊娠42天左右就会有孕囊可能是因为胎停育引起的。
患者应该及时到医院进一步检查，明确病因后进行针对性治疗。
最早在怀孕五周的时候，就可以通过阴道B超看见孕囊，由于每个人的月经周期是不同的，受孕的时间也是有短时间的区别，所以在B超上能最早见到孕囊的时间也是不同的。
宫外孕停经多久有腹痛并没有统一标准的时间，有些人停经30天都有发生很激烈的疼痛，有些人停经已经是50天了，也没有剧烈的疼痛，非常早期的宫外孕，常常是可以做保守治疗的。通过药物杀胚等的治疗，常常会成功，也有的宫外孕可以做腹腔镜的微创手术治疗，也有的宫外孕破裂需要抢救。
怀孕时间比较短，检查不出来孕囊也是正常的，建议注意卧床休息不要做剧烈的运动，怀孕的前三个月胎儿发育不稳定的，最好等到怀孕三个月的时候再去检查比较好一定要加强身体的营养。注意下是否有出血或是疼痛加剧的情况，如果有要及时检查。
