前者最常用于治疗水痘带状疱疹及Ⅰ型、Ⅱ型单纯疱疹病毒感染。该药物到达体内之后可迅速转化为阿昔洛韦，再进入到被感染的细胞当中，从而抑制病毒DNA的合成，终止病毒的复制，从而达到抗病毒作用。后者常用于带状疱疹和原发性生殖器疱疹。该药物在进入人体的消化道后会接受消化道给予的刺激，转变为有活性，有治疗效果的喷昔洛韦，然后渗透进入受到了病毒感染的细胞内部，对DNA的合成以及遗传信息的传递进行抑制。
主要是一个两个抗病毒药物的区别问题，这两个抗病毒药物是没有太大区别的，主要是一个分子式的相关区别。如果有病毒感染，使用这两个药物其中一种都是可以治疗的，同时需要增强机体的抵抗力才行。
可以治疗带状疱疹，可以治疗单纯疱疹病毒感染，可以预防或抑制单纯疱疹病毒的复发。也治疗一型单纯疱疹病毒感染引起的单纯疱疹和二型单纯疱疹病毒感染引起的生殖器疱疹。服药的次数少，依从性更高。
盐酸伐昔洛韦可以在餐后服用，根据盐酸伐昔洛韦药代动力学数据，该药口服吸收迅速，几乎所有的药物都能被阿昔洛韦和缬氨酸吸收。这个转化的步骤是在人体的肝内进行的伐昔洛韦水解酶的水解，其可用性达到了54%，而且不会受到饮食的限制，也就是说，在服用之后，药物的效果不会受到任何的改变。少量病人在使用盐酸伐昔洛韦后会出现胃部不适、食欲减退、恶心、呕吐、腹痛、腹泻、便秘等轻微的胃肠反应。餐后使用也能降低药物对胃肠的刺激性，降低药物的副作用。
更昔洛韦是一种抗病毒的药物，临床中的主要用于巨细胞病毒感染的患者，更昔洛韦在正常的使用量的范围下和肾功能正常的情况下，副作用相对来说还是比较小的。尽管如此，临床中也会出现一些不良反应，常见的不良反应主要包括出现发热，寒颤，感染，溶血症，食欲减退，恶心，呕吐，白细胞，血小板的减少，贫血，神经系统方面可能会出现感觉异常，一些神经病变。另外皮肤可能会变得敏感，干燥，自觉瘙痒等情况。
阿昔洛韦临床上主要用于病毒引起的感染，如单纯疱疹、带状疱疹等，也可用于皮肤、黏膜感染等引起的单纯疱疹病毒感染，预防免疫缺陷疾病的发生。喷昔洛韦用于严重带状疱疹患者，如出血性带状疱疹，坏疽性带状疱疹，播散性带状疱疹，三叉神经支带状疱疹，带状疱疹脑膜炎、严重疼痛的早期带状疱疹等和免疫机能障碍并发的带状疱疹。
