亚急性甲状腺炎属于自限性疾病，病程在1到2个月就可以逐渐缓解，所以说在发病期的治疗主要是对症治疗为主，如果有疼痛可以服用一些止痛的药物；如果有发烧，可以服用一些退热的药物；如果伴有一些上呼吸道感染的症状，可以适当的服用一些抗病毒或者抗生素之类的药物。
亚甲炎是一种自身免疫性疾病，最常见于病毒感染，典型的症状包括发热，颈前部异常疼痛，检查血会发现甲状腺毒症和血沉升高，甲状腺显像会发现摄锝率明显减低。这个病不算严重，治疗也不算难治。
亚甲炎的治疗方法一般是使用适合的药物。
亚甲炎又称芽肿性甲状腺炎、巨细胞甲状腺炎、非感染性甲状腺炎、移行性甲状腺炎、病毒性甲状腺炎等。治疗亚甲炎要对症，施用受体阻滞剂，缓解甲亢症状，同时用非甾体抗炎药物止痛，因亚甲炎是一种免疫反应，有些病人需激素治疗，病人要遵医嘱，适当调整药量，提前停药会导致复发，病情平稳后，切忌情绪激动，也不要再感染，防止反复发作。
选择肾上腺皮质激素。适用于持续发热疲乏无力，全身症状较重，甲状腺明显肿大或疼痛显著者。一般用药1-3天后发热和疼痛往往迅速缓解，一周后甲状腺肿常迅速缩小。病情好转后，可根据红细胞沉降率逐步递减激素用量，全程约1-2个月。
亚甲炎的典型临床分期，可分为3期：
一是前期，又称为甲状腺毒症期，病情通常较急骤，全身可有热表现，伴畏寒、浑身无力等，最具特征性表现为甲状腺部位疼痛及压痛
第二个是晚期，也就是最后一期，这段时间主要是发生在甲状腺腺瘤阶段，通常在肿瘤形成之后才能够进行手术切除。
三是恢复期，前两期症状在这期间有逐步减轻，甲状腺肿或结节亦能逐渐消失，当然，有些病人留下永久性甲减。
