月经不调孕酮太低可通过以下方法进行治疗。
女性出现月经不调孕酮太低的情况，临床上一般通过在医生的指导下服用增加体内孕酮的药物来进行治疗，比如黄体酮软胶囊和雌醇环丙孕酮片。另外，患者还可以到医院检查性激素六项，以此来判断是否存在其他的妇科疾病，比如多囊卵巢综合症，并及时进行针对性的治疗，这样才可以更好的保证女性的身体健康。
孕酮低会造成月经不调，孕酮也是一种性激素，如果分泌减少就会影响月经，可以用人工周期治疗，服用几个月经周期。平时保证充足的睡眠，不要熬夜，充足的睡眠有利于体内激素的正常分泌，体育锻炼。
辨别怀孕和月经不调，具体分析如下：
适孕龄妇女性生活正常时，若发生月经不来等现象，应首先考虑是否怀孕或月经不调的可能。怀孕时通常会有头晕、恶心呕吐等早孕反应，而月经不调则无此症状。此外还可做化验尿妊娠的实验，从检查尿中可查出究竟有没有妊娠。若仍无法辨别，可去院经验血化验，查见绒毛膜促性腺激素，更精确些，从而分辨出怀孕或月经不调的原因。
中药两周左右即可见到明显的效果。如果有反复，可以疗程会更长。如果不方便的话，你可以对症服中成药进行调理治疗。另外月经期间平时不要吃过于辛辣刺激性食物，不要吃凉东西，不要接触冷水，不要饮酒，绝对不能同房，另外要多注意休息。平时也要养成生活规律，另外切忌过多的生气。
月经不调，如果说有喝中药尽量不要抽烟，喝酒，也可以一副中药熬两次，两次的药混在一起早晚空腹喝就可以了，平时一定要注意好好的休息，尽量避免同房。吃中药期间也不能吃辣的东西了。
